表格的其余部分显示了在aseg中标记的所有结构的此信息。 （请记住，如果要退出“ less”命令，请按“ q”）。 在表中，第一个单元格是体积，指示该度量是右侧所有单元格的单位为mm3的体积。 可以在卷以下找到主题ID（分别为4、21、40、67、80、92）。
- （请记住，如果要退出“ less”命令，请按“ q”）。
- 该文件的下一部分定义表其余部分的列标题，字段名称和单位。
- 我们可以期望看到表中每个条目的结构名称，顶点数量，表面积，灰质体积，平均厚度，厚度StDev，积分校正平均曲率，积分校正高斯曲率，折痕指数和本征曲率指数。
- 可以在卷以下找到主题ID（分别为4、21、40、67、80、92）。
- 在文本文件的开头，将包含有关所运行命令，使用的版本，运行该命令的用户以及时间戳的信息。
该文件的下一部分定义表其余部分的列标题，字段名称和单位。 我们可以期望看到表中每个条目的结构名称，顶点数量，表面积，灰质体积，平均厚度，厚度StDev，积分校正平均曲率，积分校正高斯曲率，折痕指数和本征曲率指数。 exvivo 皮层下分割的统计输出称为aseg.stats，是常规文本文件，将包含特定结构的体积。 例如，您可以从该文件中获取诸如左海马体积及其平均强度之类的信息。
exvivo: 使用上の注意情報
2、freesurfer皮层分割的软件参考官网：FreeSurfer官方网站，这个官网详细介绍了从安装到使用的详细教材。 exvivo 3、freesurfer中文的安装教材推荐看我的博客：安装教材 4、freesurfer同时可以看看B站的视频：视频，这个对于初学者也是很好的 5、还可以看看中文的文档：中文文档 … 本教程简要介绍解剖ROI分析，包括了解FreeSurfer标签文件，从标签文件中提取ROI度量以及创建个人和组统计文件以进行进一步分析。 在文本文件的开头，将包含有关所运行命令，使用的版本，运行该命令的用户以及时间戳的信息。 其实很多软件都可以实现，这里介绍一种用bash直接提取统计数据的方法，比asegstats2table更灵活，而且效率也有可能更高。 使用asegstats2table可以直接用freesu…
本节将引导您使用主题的stats目录执行您可能感兴趣的某些结构的组统计信息。 以下命令将帮助您将要分析的主题的数据合并到一个表中，该表可以轻松读取到电子表格程序中。 exvivo 在以下各节中，我们以6个主题为例（004、021、040、067、080、092）。 在FreeSurfer处理流中，通过recon-all脚本生成了一些统计输出文件。
exvivo: 目录
若要查看表面上的标签，首先（在另一个终端窗口中）使用以下命令将对象的充气表面加载到Freeview中。 Segmentations 分割，就是把不同value的体素分派到不同的结构中。 可以在lookup table中查到相应的结构，同时可以在color table中查到他们相应的颜色。 皮质细胞分裂的统计输出，称为lh.aparc.stats和rh.aparc.stats，是常规文本文件，将包含特定结构的厚度。 例如，您可以从该文件中获取诸如上颞回的剩余量及其平均厚度等信息。 1、linux书籍和笔记可见附件中，推荐学习linux的视频为：linux初学者必看 exvivo exvivo 这个视频我认为对于初学者是很好的，学习周期大概2到3天即可。
- 本教程简要介绍解剖ROI分析，包括了解FreeSurfer标签文件，从标签文件中提取ROI度量以及创建个人和组统计文件以进行进一步分析。
- 若要查看表面上的标签，首先（在另一个终端窗口中）使用以下命令将对象的充气表面加载到Freeview中。
- 2、freesurfer皮层分割的软件参考官网：FreeSurfer官方网站，这个官网详细介绍了从安装到使用的详细教材。
- 在FreeSurfer处理流中，通过recon-all脚本生成了一些统计输出文件。
- 表格的其余部分显示了在aseg中标记的所有结构的此信息。
- 可以在lookup table中查到相应的结构，同时可以在color table中查到他们相应的颜色。
您会注意到，在我们为asegstats2table考虑的示例中，每个主题都是3位数字（004、021等）。 创建一个名为rh.aparc.a2009.thickness.table的表，该表列出对象 和040的所有左半球皮层中的主要厚度。 注意：如果要使用预先存在的标签并将其注册到fsaverage，请注意，这可能涉及两次重采样，并且结果可能不如在fsaverage上绘制标签那样准确。 exvivo 创建一个称为mean.practice.table的表，该表列出了主题 和092的所有片段的平均强度。 Python逐行读取txt写入新的txt_Python逐行读取txt文本，按符合分割词并逐行写入txt…
exvivo: 使用上の注意情報
