此外，可以通过元组学方法评估病原体与其他微生物的微生物共存以及复杂生态系统中的微生物相互作用，这可以确定有利于或阻止食源性病原体生长或生存的模式。 处理可能是污染或微生物转移的潜在来源，微生物可以不知不觉地从表面转移到食品中。 Moraxella spp.是一种主要的肉类腐败菌，在员工的手套上发现了这种细菌，并通过全长16S rRNA基因测序鉴定为整个猪肉加工厂的潜在污染源。
在tNGS和mNGS的对比研究中，在tNGS中检出的新型隐球菌被错误的识别为格特隐球菌。 这表明tNGS生信数据库的精细化、专业化的设计在病原识别中是至关重要的。 超多重PCR靶向测序即针对感兴趣的目标区域，设计多重PCR引物进行扩增富集并进行测序的技术。 TNGS技术是基于NGS的靶向富集（Target enrichment）的测序技术。 靶向富集是tNGS技术的关键环节，通过对目标基因组区域（regions of interest ，ROI）进行富集，确保ROI区域有足够的测序深度和覆盖度，进而成功地识别目标病原体。
其他能够产生较长reads的测序平台可能会解决这个问题，如牛津纳米孔技术公司或太平洋生物科学公司的测序平台，但较低的read准确度和较高的测序成本可能是问题。 虽然鸟枪法宏基因组测序克服了与基于扩增子的方法相关的许多偏差，但其最大的挑战之一是，当随机测序含有大量宿主DNA的样本时会降低微生物的测序深度。 虽然大多数研究在生物信息学分析过程中从宿主DNA中去除reads，但更有效的替代方法是通过各种化学方法和市售试剂盒来减少宿主DNA或富集微生物DNA。 同样，在宏转录组学中，高度丰富的rRNA会导致成本增加和复杂的下游分析。
尽管这些基于测序的方法很有前景，但要实现更广泛的应用，它们还面临着一些挑战。 这些元组学方法面临的主要挑战是缺乏标准化，由于使用不同的提取方法、测序平台、数据库和生物信息学工具，导致结果出现差异。 为了强调这一点，我们参考了几项研究，这些研究根据所采用的分析方法得出了不同的结论，从而强调需要确定那些提供最大准确性的方法，并最终以标准化方式使用它们。 同样，在分析方面，结果通常以相对丰度表示，这一事实可能会导致误解，因为一个分类单元相对丰度的增加会导致其他分类单元的相对丰度同时减少。 因此，有必要使用互补的方法来量化微生物群落，这方面的方法包括数字PCR、qPCR、流式细胞术和培养。 值得注意的是，在测序中使用合成标准对不同的方法产生了不同的结果，这再次强调了在分析过程中需要谨慎。
貓咪被飼養之後飲食由生肉演變成乾飼料，使得單純仰賴食物已經沒辦法補充身體所要的水分，由於貓咪的祖先過去是生活于沙漠中的，在野外的首要食品….. 本文由“健康号”用户上传、授权发布，以上内容（含文字、图片、视频）不代表健康界立场。 “健康号”系信息发布平台，仅提供信息存储服务，如有转载、侵权等任何问题，请联系健康界（）处理。 從國小everyday一路看漫畫小說到大學畢業，號稱看遍整個漫畫店的女紙。 最喜歡文字，喜歡看別人的文字、也希望可以用文字表達自己的想法給別人。
尽管基于培养的方法和快速方法可用于识别复杂食品或食品环境相关样品中的微生物，但它们对特定微生物的重视程度不平衡，尽管进行了多路复用，但仍然仅捕获整个微生物群落的一小部分。 由于微生物存在于群落中，因此对其进行研究非常重要，因为一个物种或菌株的生长、生存和活动可能会影响或与另一个物种或菌株的存在有关。 此外，从实践角度来看，理论上可以同时鉴定食物链样本中所有病原体和腐败微生物的方法可能会产生破坏性的积极影响。
由于缺少扩增步骤，消除了宏遗传学可能存在的偏差并具有更高的灵敏度，从而使分类达到菌株水平。 鸟枪法宏基因组学的另一个优势是，如果应用足够的测序深度，可以恢复宏基因组组装基因组，这可以提供更多的基因组信息，揭示特定类群的功能和安全相关特性，并允许研究食品相关微生物物种(如LAB)的菌株水平多样性。 宏转录组学涉及对从样本中分离的总mRNA进行非靶向测序，从而可以识别样本中具有转录活性的微生物，并可以进一步深入了解微生物群落的潜在功能特征。 这种方法揭示了群落中最活跃的微生物，同时也使人们能够更深入地了解复杂食物微生物群落或与食物相关环境中的微生物群落是如何相互作用的。 这种方法还可用于观察食品中的原位基因表达，收集目前在食品生态系统中表达的可能与食品发酵和/或腐败相关的代谢活动的信息。 宏转录组学的另一个优势是能够检测基于RNA的病毒，包括食源性病原体，如诺如病毒。
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发酵食品微生物可以自发引入(从原料或生产或加工环境)或作为发酵剂接种，随着时间的推移，可以产生酶、挥发性化合物和抗菌分子，如有机酸、脂肪酸、过氧化氢、双乙酰和细菌素，有助于减缓或防止腐败和病原微生物的生长。 尽管微生物的自发引入与本综述有特定的相关性，但我们在此简要概述了发酵食品中一些最重要的微生物。 宏遗传学，也称为扩增子测序、分类学、宏条形码，有时也称为16S宏基因组学或16S核糖体RNA基因测序，是一种通过PCR从混合基因组DNA中扩增标记基因的靶向方法。 然后直接测序并与参考数据库进行比对，以确定整个微生物群落的分类学组成。 16S rRNA基因是细菌鉴定中最常用的基因，普遍存在于细菌中，该基因包含9个高变区，其中部分或全部可通过扩增和测序靶向鉴定相应的细菌分类。 类似的方法可以通过靶向18S或23S rRNA基因或rRNA操纵子的内转录间隔区应用于真菌。
元组学方法绕过了培养和分离微生物的需要，允许对微生物群落进行更广泛的表征。 （3）tNGS检测因目标病原体设定范围明确，可以显著简化解读流程：在mNGS和tNGS的对比研究中发现，基于mNGS检测样本单次报出的病原数量在4-24个，而tNGS报出集中在1-2个。 在病原微生物数据库构建方面，相较于mNGS数据库的几万种微生物的“大而全”，tNGS数据库可更加聚焦几十至几百种目标病原体，更加深入细致地区分不同亚种和亚型。
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鸟枪法宏基因组学，通常称为宏基因组学，是通过对从混合微生物群落中提取的整个DNA样本进行测序，对微生物种群进行非靶向基因组分析。 该方法包括对样本DNA进行片段化，然后制备测序文库，分析所得数据以提供关于整个微生物群落的分类组成和功能潜力的信息。 由于宏基因组学的非靶向性，在假设DNA提取方法合适的情况下，可以从样本中获得与各种微生物(包括细菌、病毒、古菌和真菌等单细胞真核生物)有关的信息。 微生物群落存在于整个食物链中，了解其动态以及促进或阻碍其生长的条件将有助于食品安全和质量目的。
为了了解储存温度对微生物群落的影响，已经在香肠和鱼类中使用宏遗传学结合感官评估或依赖培养的方法来监测微生物动态，这导致了模型的发展，以推断贮藏期间的腐败动态和细菌种类的关联。 目前，气调包装用于延长鲜肉、海鲜、水果、蔬菜等各种食品的保质期，但需要优化气体成分以保持产品的质量。 在评估家禽的MAP时，Wang等人利用宏基因组学确定了与其他包装条件相比细菌群落的变化，Höll等人利用宏转录组学监测两种腐败菌对不同气体条件的调控反应。 同样，通过宏遗传学、感官分析或代谢组学对低温MAP和真空包装的鱼片的保质期进行评估，以了解腐败菌随时间的动态变化。 已经使用宏遗传学研究了清洁和消毒的效果，有证据表明，在奶牛场和养猪场清洁后细菌多样性和丰度发生了变化。
宏代谢组学分析分为两类：非靶向分析，侧重于检测尽可能多的代谢物；靶向分析，侧重于特定条件下用户选择的特定代谢物。 该领域的研究人员通常使用质谱或核磁共振来评估食品成分、质量、安全性、真实性和可追溯性。 宏蛋白质组学和宏代谢组学与其他组学方法的整合被用于提供新的见解并将基因组信息与表型联系起来。
这不仅忽略了部分可存活但不可培养的微生物，而且也没有考虑样本中存在的细菌群落之间的关系。 据估计，在许多环境中，未培养的微生物占微生物总数的99%，这意味着使用传统培养方法会严重低估微生物数量。 尽管这种程度的低估在食品系统中可能不那么严重，但是，由于食品和食品加工环境的微生物群落由复杂、动态的微生物群落组成，元组学方法有可能提供对这些群落更准确和更深入的理解。 本文简要介绍了微生物对食品质量安全的贡献以及微生物鉴定的传统方法。 本综述的主要重点是基于测序的元组学方法及其对理解食品、食品相关环境和食品加工微生物群落动态的贡献，还简要提到了其他非测序的元组学方法。 从方法学的角度来看，提取足够浓度和质量的DNA/RNA对测序至关重要，这在某些情况下可能具有挑战性，例如从低微生物负荷地区采集的环境拭子样本。
- 它也被用来了解抗菌药物使用和耐药性之间的关联，以及加工对耐药性和病毒组的影响。
- 上述基于测序的元组学方法对各种不同微生物组的研究做出了重大贡献，例如，促进了食品微生物组研究的重大进展。
- 利用元组学方法监测食品加工过程中食品微生物群落的变化，有助于理解加工过程对食品质量和安全的影响。
- 这是一个复杂的过程，食物发生生化变化，通常是由于生态决定因素的微生物活动。
- 基于测序的方法包括宏遗传学、宏基因组学和宏转录组学，其他基于群落的方法包括宏蛋白质组学和宏代谢组学，这些方法目前被用于人类、环境和食品微生物组的研究。
一般来说，样品首先要均质化，然后通常要进行富集步骤(预富集和选择性富集)，然后是选择性或差异电镀以区分存在的其他微生物，最后通过生化、血清学或其他方法进行鉴定。 预富集用于恢复受损细胞和稀释食物样品中的抑制性化合物，而选择性富集增加了目标病原体的浓度，同时抑制了其他微生物的生长。 这些传统方法价格低廉，但耗时费力，根据目标微生物的不同，接种、分离和鉴定需要2-3天到一周的时间。 此外，由于可能存在VBNC细菌，可能会出现假阴性，这可能意味着无法成功检测到食品中的病原体或腐败菌。
为了克服这一挑战，在下游分析中采用了测序前和/或测序后去除rRNA缺失或mRNA富集策略。 此外，随着测序技术的使用，先进的计算能力和生物信息学技能对于它们的使用是必要的，这在考虑应用这些方法时增加了挑战。 如上所述，基于培养的测定方法历来被用于检测、计数和分离食品和环境样品中的活的食源性病原体或腐败微生物。
最终，不同的细菌会导致不同种类的食物出现不同的质量问题，如表1所示。 此外，尽管酵母和霉菌的生长速度较慢，但它们能够利用食物系统中的许多生态位，并能够利用细菌无法利用的底物并耐受极端条件。 这在发酵食品中是很明显的，微生物的活性除了延长保质期外，还可以提高其感官和营养品质。
对灵敏度和特定检测的需求以及其他挑战证明，这些基于群落的方法目前不适用于监管合规级别，但随着进一步发展，这将成为未来的标准。 5.2.2 食品相关环境 从农场到加工设施，食品相关环境一再被发现会对最终产品的微生物群产生积极或消极的影响。 利用元组学方法监测食品加工过程中食品微生物群落的变化，有助于理解加工过程对食品质量和安全的影响。
如果這些細節院方都有執行到，最後咪咪救不回來，我也無憾。 感謝派大星的主治范晉瑋醫生，一到院就很完整分析病況，講話溫柔讓人安心！ 派大星住院的12天，每次探病時住院醫生都會仔細說明一天的病情及醫療情況，12天來起起伏伏也感謝各位助理.住院醫生24小時的照顧，雖然派大星很遺憾地離開了，但謝謝這段日子有宏力醫生們的照顧。 TNGS技术可以针对耐药/毒力基因进行目标区域富集，确保准确稳定的检出。 需考虑同一基因的不同突变类型，产生的耐药效果不同，实现耐药/毒力基因的全覆盖。
一种方法涉及对整个食品加工链进行分析，从整个过程开始到结束采集样本，并使用元组学方法来追踪微生物群落动态的变化，这有助于制定缓解措施。 这种全链方法通常涉及食品和环境样本的采样，并突出了可能发生污染或腐败的区域；例如，在肉类加工中，动物尸体或兽皮被确定为可能的污染源，并且发现在屠宰期间和屠宰后采取的措施是减少细菌负荷和AMR基因向肉类产品传播的关键。 用类似的方法研究香肠生产表明，乳化步骤选择了革兰氏阳性腐败菌。
貓狗如果有在醫院被粗魯對待的經驗，有可能會形成牠們心中一輩子的陰影。 網路對於醫生的評價不一定客觀，每個飼主的主觀體驗不一致，他覺得是好醫生反而不一定是同業最優秀的；有的診所是因為醫術好客人多，有的診所則是因為費用便宜而車水馬龍，在這一部分寵物主人一定要多多觀察評估。 本店專營寵物的醫療門診,於83年9月設立第一家”宏仁動物醫院”，再於93年12月成立第二家”宏力動物醫院”，目前二家醫院皆採電腦化企業管理。
这种并行方法也有助于了解成熟过程中微生物群落的动态，揭示温度对微生物群落和基因表达的影响。 这些是在不断增长的研究库中选择的研究示例，这些研究使用这些方法来研究发酵食品中的微生物群落。 不出所料，有人提出，多种元组学方法通过对其微生物组的详细功能表征促进发酵食品的改进、高效和可持续生产。 虽然使用元组学方法研究非发酵食品的数量远低于发酵食品，但已经完成的研究突出了此类方法的巨大潜力。
苗等人通过对561名急性或慢性感染患者的队列研究发现，在接受过抗菌药物治疗的患者中mNGS的检出敏感性显著高于培养（52.7% vs 34.4%）。 （1）传统检测方法只能检测已知病原，检测通量有限，对于临床医生的经验依赖性大。 MNGS通过对样本中所有核酸进行测序，从而实现广泛无偏的病原微生物检测。 这为临床上不明原因的感染、罕见致病菌病原鉴定提供了可能。 随着这些元组学方法越来越多地被用于揭示食品和与食品相关环境的微生物群，非常需要标准化的工作流程/管道来进行方法学和分析。
目前国内外策略主要分为两种：基于超多重PCR扩增的tNGS和基于杂交捕获的tNGS 。 畢業於國立嘉義大學獸醫學系，就學期間開始在不同的小動物醫院實習，並先後進入中興大學附設動物醫院、嘉義大學附設動物醫院實習，以累積足夠的臨床經驗。 106年加入宏力動物醫院團隊，接受將近兩年的住院醫師完整訓練，包括麻醉、急診醫療、一般內科等。
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