目前有Index Fungorum與ITIS等資料庫記錄了所有現生真菌的名稱（包含舊分類系統下的同物異名在內），許多分類學家也正努力建立更一致的命名系統 。 ）或是有隔板的，有隔板的菌絲不同細胞核間有細胞壁將其分隔，使一個隔間具有一或數個細胞核，多核菌絲則沒有隔板，基本上就是一個含有多個細胞核的巨大細胞。 隔板上通常有小孔可以使細胞質與胞器流通，有時細胞核也可以透過小孔，例如擔子菌門真菌形成的桶孔隔膜。 菇類因為不是植物，沒有葉綠素，不能行光合作用，所以不能自己合成氧氣，但也和所有的生物一樣需要呼吸新鮮空氣、吐出二氧化碳，在菇類不同生長階段對於二氧化碳的忍受程度不同，一般在菌絲生長階段可以忍受較高濃度的二氧化碳，濃度從3,000～10,000ppm，太頻繁換氣反而讓菌絲的生長速度變慢。
體格壯碩、學電子工程的方世文是蕈優的創辦人，非農出身的他起心動念，來自於對抗農民「靠天吃飯」的宿命！ 方世文的岳父是傳統的菇農，遇到暖冬，彰化地區便無法生產，香菇只能是週期性產品。 為了解決生產受制於天氣的問題，學電子工程出身的方世文到日本考察金針菇的種植，又遠赴荷蘭、法國，看到冬天下雪的荷蘭，透過空調恆控的環境，終年可以生產洋菇。 他決定改變傳統種菇方法，將無塵室這種電子科技運用在種菇，透過環控設施及設備栽培，配合菇類的生長需求，打造完善溫控、加濕、二氧化碳控制、內循環和外氣交換系統的環境。
其他菇類: 認識16種「菇菇」！ 金針菇＝明天見、沒熟舞菇吃了會跳舞
但分子證據顯示，真菌和動物之間的關係要比和植物之間更加親近，真菌與動物同屬後鞭毛生物，兩者在演化上的關係也是分類學的研究熱點之一。 但如果濕度低於50%，則培養基質內的水分會容易蒸散至空氣中，因而降低栽培基質內的含水量。 但民國70年起，因中國及東南亞等國洋菇產業崛起，臺灣洋菇受他國競爭低價傾銷、輸入國的貿易保護政策、臺灣工資提升及生產成本增加之影響，又逢新台幣對美元升值，使得我國洋菇外銷競爭力下降，外銷量逐年減少。 伴隨政府之洋菇產銷計畫走入尾端，導致農民栽種意願低落，菇農人數與栽種面積也逐漸萎縮。
秀珍菇，又名鳳尾菇，英文為Phoenix oyster mushroom。 秀珍菇是蠔菇屬的一員，是鳳尾菇未成熟的菇體，採收標準為菇傘直徑成乒乓球大小，應為本國菇農偶然間提早採收發現之新栽培方式，命名者雖已不可考，但台灣應是本名稱之發源地(李瑋崧，2011)。 近年本國生產秀珍菇時遭於木黴菌危害，使秀珍菇在第二潮菇後即無法繼續採收，導致栽培業者逐漸轉作其他菇種。 秀珍菇生產以太空包為主，並以中部為主要產區(陳宗明，2016)。
「採收、理貨、幫香菇剪腳、庫間作業……菇類每個步驟都是人工。」這是6年前，菇類領航產業計畫推手石信德博士感受到的產業危機！ 當時他到日本參訪菇類工廠，看到從太空包製造、栽培、清洗、分級到包裝封袋，整個流程幾乎全部自動化，留下深刻的印象。 他山之石可以攻錯，於是，石博士主導由農試所率先從省工機具著手，開發「太空包自動化上下架」與「鮮菇採收系統」，並且研發菇類液體菌種發酵與接種系統技術(其中金針菇、杏飽菇已於業界應用)，同步縮短菌種生產週期，同時提昇菌種活性，穩定品質與產量。 台灣洋菇在過去曾是外銷之主力，並在當時為台灣奠定下洋菇王國之美譽，時至今日，由於台灣目前之菇類價格在東亞地區屬於偏高之區域，因此在外銷市場上已喪失了價格之優勢，加上如要出口到東協國家，將會被課取較高之關稅，因此目前相關市場也逐漸被韓國與中國大陸所吞蝕。 此外乾香菇出口數量每年俱增，顯見我國香菇品質受到重視，目前銷售至日本與加拿大等高單價國家，因此未來值得繼續努力發展優質香菇以利進行出口。 此外由於國內目前對於鴻喜/雪白菇在進出口號列中並未獨立，因此若依其他菇類進出口資料來看，今年我國仍自日本進口大量其他食用菇類達351,953公斤，其大部分可能即是進口鴻喜菇與雪白菇，但依今年資料我國亦有出口約134,912公斤之其他食用菇類，且其最大之出口國為香港。
需要咖啡因的時刻，總想來點不一樣的小巧思，激盪咖啡控的味蕾嗎？ 就讓島遊來帶路，精選台灣特色咖啡，品嚐咖啡以外的獨特趣味。 高敏敏說，不管是哪一種菇，大的、小的、貴的、便宜的、常見的還是稀有的，都很營養。 聞氣味：新鮮的菇，會散發出屬於菇類的清香，如果聞起來是刺鼻異味，就有可能是放置過久，已經不新鮮了。 高膳食纖維、低脂肪、低熱量：菇類中滿滿的膳食纖維，能降低膽固醇，保護血管，另外它所含有的脂肪大部分是不飽和脂肪酸，因此對人體也較沒有負擔。
，內生真菌與菌根一樣常是植物與真菌間的互利共生，真菌生長於植物體內獲得養份與庇護，並可提高植物對草食動物的抗性以讓植物受益。 ，Terdersoo等人2018年發表的分類系統選擇將它們獨立成一個界：核形蟲界（Nucleariae）。 核形蟲界雖不屬於真菌界，但因與真菌親緣關係密切，是廣義的真菌：真菌總界的成員。 的孢子需要雨水等外力將子實體爆破後才能釋出，鬼筆科的真菌甚至具有鮮豔的顏色與特殊的氣味，以吸引昆蟲協助散播孢子。 為了解決這個混亂的命名問題，1993年卡弗利爾-史密斯規範真菌界的名稱為「Fungi」，不屬於真菌界核心成員的物種直接畫出真菌界的範圍，不再使用「Eumycota」或「Eufungi」等名詞，目前「真菌界」在共識上稱為「Kingdom Fungi」。
真菌的英文「fungus」直接源自於拉丁文對蘑菇的稱呼，古羅馬作家老普林尼與賀拉斯的作品中都有這個稱呼，而拉丁文的「fungus」則是來自希臘文的海綿「σφογγος」（sphongos），因蘑菇與黴菌形態上的特徵而得名。 此一字根也出現其他歐洲語言中，例如德文意指黴菌的「Schimmel」也源於此字根。 如果不喜歡菇類的「生菇味」，有幾種方法可去除味道，像是炒久一點，乾炒至出水再料理；搭配鹽、醋、胡椒或味噌醃製後再料理；加入醬油增加悶煮時間等方式，都是減少生菇味的好撇步。 要成功栽培各種菇類，除了要了解栽培方法之外，最好能熟悉菇類的基本及栽培特性，所謂知己知彼，才能百戰百勝，根據每一種菇類的特性設定一套標準的生產流程，而在遭遇困難時，可以迅速釐清問題的根源，自行排除或尋求專家的協助。
其他菇類: 真菌學
每一種菇類所含多醣體不同，功效也不同，以下將介紹四種菇類所含功效。 目前最新的工廠化智能生產模式則以金針菇與鴻喜菇為範例，除栽培環境利用智能化之環境控制系統外，機械且自動化的產瓶生產系統配合液體菌種與自動化接種系統，可有效降低生產前端之人工使用，因此雖然投資成本較高，但由於具有人工少、生產管理精細與可高效生產等特點，目前已經成為國內植物工廠生產之典範。 芽枝黴門以前認為是壺菌的一支，不過新研究顯示芽枝黴門不屬於壺菌，且可能是雙核亞界與原屬接合菌門的所有真菌的姊妹群，在演化上比壺菌晚分支出去。 芽枝黴門多為腐生，以分解有機質為生，其成員可寄生於許多真核生物。 目前真菌較高層級的分類系統仍有很大爭議，新理論不斷被提出，各個分類階層的名稱均常有變動。 且同一種真菌還可能在生活史的不同階段，例如無性與有性世代擁有數種不同的學名，使真菌分類更加複雜。
「會裂開的菇就是食用菇」、「毒菇的顏色都很鮮艷所以顏色不顯眼、味道不錯的菇類就可以吃」、「不會讓銀器變色的就可以吃」、「被蟲吃過的菇就可以吃」、「泡鹽水或加鹽煮過就可以去掉毒素」等，都是被實驗否定的說法，絕對不能當作實際的判斷根據。 要確認是否可食、有沒有毒，除了根據菇類的品種外，還要考慮生長的地區。 不過，實際上多數菇類中毒案例都是將已知的有毒品種錯認為無毒種而造成，事先若能做過確認大多都能避免。
其他菇類: 健康醫思一點通
在竹笙的功效方面，很多科學家在從事菇類的生化學研究時發現，從竹笙可分離出幾種多醣，如。 Α－D－mannan（T－2－HN）直鎮狀多醣，而這α－D－mannan（聚甘露糖）在其他菇類還沒有被分離過。 國內外食人口多，食物雖然選擇多樣化但通常過於精緻化，加上國人普遍水分及纖維素攝食不足，還有生活壓力大及睡眠不足的問題，因此不易維持腸道原本該有的健康功能。 目前常用的治療方法，包含使用瀉鹽、瀉藥、軟便劑、潤滑劑或灌腸等方式，然而長期使用瀉藥，尤其是刺激性的藥物，可能會造成消費者對於藥物依賴性，同時還可能會有其他不良的副作用。 過去傳統的藥膳不管是用水煮或是半酒水，甚至有些建議是加入一些含有油脂的肉類，其實都是一種萃取的概念，經由高溫，將水溶性或脂溶性的有效成分萃取出來，這樣吃下去才能達到保健的效果。
第二點是菇類的鮮味值很高，所以加入菇類一起烹調就是比味精還要好的天然調味料。 提到要增強免疫力，不能不把菇類搬出來，預防感冒或是做為癌症的輔助療法，菇類一直是首選的材料之一。 相較於其他的蔬菜，菇類的價格較高，因此家庭主婦在採買時，不見得每餐都會烹煮菇類，有的家庭可能1個星期甚至長達1個月才會在餐桌上看到菇類的蹤跡。 再加上菇類的吃法多以加到火鍋或是湯品之中居多，因此在冬天寒流來襲時，菇類的消費量才會明顯增加。 溶血型：主要症狀是在1-2天內發生溶血性貧血，症狀是突然寒顫，發熱，腹疼頭疼，腰背肢體疼，面色蒼白，噁心，嘔吐全身虛弱無力，煩躁不安和氣促。
糖尿病是因為體內胰島素分泌失衡所造成的一種病症，主要是第一型和第二型糖尿病，第一型大都是因為遺傳造成，屬於先天性胰島素β細胞被破壞或功能異常，第二型則和後天的飲食習慣有關，胰島素β細胞功能不足或細胞對於胰島素不敏感而產生胰島素阻抗的現象，目前罹患第二型糖尿病人口居多，且因為速食與飲料的普及而有年輕化的趨勢。 肥胖、高糖飲料及過量的酒精攝取均會增加第二型糖尿病的罹病危險率。 糖尿病後期會產生許多的併發症，包含傷口不易癒合、腎功能降低、視網膜病變等等，因此除了攝取低GI（升糖指數Glycemic Index）的食物之外，降血糖的食材也特別受到關注。
- 除了上述幾種較大規模生產之菇類外，其他還有如：豬肚菇（酒杯菇）、雞腿菇、韓國平菇（大力菇）、紅平菇（粉紅玫瑰菇）、斤耳與雪耳等，此些菇類生產量較少或主要係提供作為觀光農業使用之菇種，因此台灣現有栽培之菇種估計已超過20種。
- 靈芝種類繁多，《神農本草》依外部色澤分為赤、黃、青、紫、白及黑芝六種。
- 以過去秀珍菇主要栽培地彰化縣二林鎮為例，目前已有超過半數之業者改為栽培白精靈。
- 自許成為「社會的一道光明」的《人間福報》任重而道遠，在秉持創辦人星雲大師「傳播人間善因善緣」的理念之際，更將堅持為社會注入清流，讓福報的發行為人間帶來祥和歡喜，具體實現「人間有福報，福報滿人間」的目標。
- 食用靈芝，可沖泡、熬煮飲用，也可濃縮製粉服用，另外也可與菜、肉類製成羹湯食用。
最為人所知的擔子菌便是菇類，不過擔子菌也能以其他形態存在。 沒有經驗者自行摘採野生的菇類來食用是非常危險的行為，目前並沒有簡單的方法可以直接判定蕈類是否可食。 也有毒性雖然弱但仍會造成嚴重症狀者（例如日本亮耳菌這種弱毒性的品種，也有造成死亡的案例）。
先由農試所開發人機協同作業的「省工機具」、民間的翔元公司打造「全自動製包機設備」，再由農試所技轉蕈源生技公司「香菇菌種生產事業化技術套組」，並由同樣是民間的蕈優生物科技農場發展「智農環控系統」，最後再銜接「產銷連結產消互動平臺」。 5年下來，一步一腳印推動智農聯盟及物聯網配銷發展，共同開創菇類產業新價值。 台灣食用菇類目前整體之產量約為141,580公噸，而產值可達1,010,195萬元（表一），雖然因為香菇、秀珍菇與木耳產量下跌與金針菇產值下降等因素影響，但整體產值仍較去年些微成長，因此菇類產業仍是佔蔬菜整體產值中相當重要之ㄧ環。
除了球囊菌門與微孢子蟲外，其他門的真菌都可透過減數分裂產生配子、進行有性生殖（且基因組分析顯示球囊菌門與微孢子蟲的真菌應該也能進行有性生殖，只是尚未觀察到）。 真菌有性生殖的過程與動物、植物相當不同，而不同真菌間特化來進行有性生殖的結構也有差異，是鑑定真菌物種的重要依據，而拿不同真菌進行交配實驗，觀察兩者能不能形成子實體，可以透過生物物種概念（biological species concepts）以兩者能不能成功交配、交配產生的子代有沒有生殖能力來判斷它們是不是同一物種 。 主要的生物類群早期都是以有性生殖特化的結構與孢子差異來描述、區分的，例如產生子囊的子囊菌門與產生擔子的擔子菌門。 有一些物種還有交配型之分，必須不同交配型的兩個體才可以交配（heterothallic），其他物種則可以和所有個體交配，甚至自交產生孢子（homothallic）。 則是少見的例外，它們的菌絲附著於宿主細胞上，並可能因宿主細胞延長造成的機械拉力，而促使其菌絲從中間分裂生長（intercalary extension），以長至跟宿主的組織一樣長度。
香菇是對所有菇類(又叫蕈類)的總稱，這個大家族是華人餐桌上的重要角色，不僅好料理，也是很方便的火鍋配料，更是營養功效多多的食材！ 台灣人常使用的蕈類有金針菇、杏鮑菇、鴻禧菇、黑木耳等等，菇類好處各有些微不同，以下療日子為大家介紹5種常見菇類的好處。 菇蕈類是政府推動智慧農業重點拔尖產業之一，菇類領航產業團隊從106年到現在，總共促成業界10件、總金額超過5億元的投資。 菇類領航產業的相關研發，符合聯合國永續發展目標，目標9產業創新和基礎設施、目標8尊嚴勞動和經濟成長以及目標3良好的健康和福祉。 四家業者組成合作聯盟，共同促進菇類產業規格化、機能化、國際化，提升農企業經營規模與效能。
目前全台食用菇種類多，因本土種菇技術提升，很多菇類從國外引進後改良自產，例如秀珍菇原產於印度、鮑魚菇來自越南、印度、非洲、中國等地、自日本引進鴻喜菇等等。 相對於食用菇，也有許多對人類有害的毒菇；已知的如：有致命毒性的鱗柄白毒鵝膏菌、毒鵝膏、苞腳鵝膏菌、擬稀褶紅菇、火焰茸，會造成神經系統異常的豹斑毒傘、毒蠅傘、橘黃裸傘，會影響腸胃消化系統的褐黑口蘑、綠褶菇、毒粉褶菌等。 接合菌門：此一類的真菌的主要特徵是菌絲體不具隔板，無性生殖的分生孢子位於菌絲末端之孢子囊，有性生殖會產生接合孢子。 常見的如麵包黴、水玉黴，會與植物產生共生關係的內生菌根菌都是這一類的真菌。
許多真菌的次級代謝物被用來當作藥物，詳見#人類利用一節的說明。 此次分類所作出較大的改動包括認定微孢子蟲屬於隱真菌門、將壺菌門進一步分拆、將蛙糞黴從蟲黴菌中獨立成一門、將毛黴門進一步分拆等。 等特化的結構產生孢子，後者則是菌絲斷裂成為許多片段，每一片段都長成一條新的菌絲。 無性生殖可以產生基因上與母體相同、佔據同樣生態棲位的子代，繁殖效率也較有性生殖迅速，可以在短時間快速拓殖。
- 根據《天然植物營養素》一書，營養學專家吳映蓉指出，一篇針對化學物質誘發肝損傷的研究發現，金針菇的多醣體萃取物能明顯增加血液與肝臟裡的抗氧化酵素濃度，還可以改善肝臟組織異常的現象，在在顯示金針菇的多醣體具有保護肝臟的潛力。
- ，Terdersoo等人2018年發表的分類系統選擇將它們獨立成一個界：核形蟲界（Nucleariae）。
- 高敏敏說，不管是哪一種菇，大的、小的、貴的、便宜的、常見的還是稀有的，都很營養。
- 例如基因修飾後的酵母菌可以用來大量生產許多藥物，且因為酵母菌在培養箱中生長迅速，使生產藥物的效率比從原本的來源提煉還要高。
- 人類對真菌的利用可以追溯到史前時代，早在5300年前的新石器時代，在奧地利阿爾卑斯山區發現的木乃伊冰人奧茨遺骸上便帶有兩種多孔菌，其中木蹄層孔菌可能是用來生火的燃料，白樺菌菇則可能是藥用。
- 豐富的維生素含量：維生素B群、維生素D都是菇類中大量含有的營養素，維生素B群能促代謝，維生素D則能幫助人體吸收鈣質，都是我們必需的營養。
目前洋菇栽培以中南部地區為主要產區，且罐頭製造已不復存在，改以生鮮方式出售。 洋菇栽種方式也漸漸改以環控為經營模式，但由於環控菇舍投入成本高、農業人口老化，再加上洋菇事業無人接手，導致部分菇農仍以傳統菇舍為栽培模式。 目前預估栽培之面積約有110,000坪，但今年有傳出業者之菌種與稻草堆肥發生問題，因此年產量小幅下滑至為3,080噸，年產值約23,069萬元。 目前國內菇類市場年產量約為14萬公噸，產值超過120億，常見食用菇包含：洋菇、草菇、美白菇、鴻喜菇、秀珍菇、香菇、杏鮑菇、金針菇、木耳、銀耳、猴頭菇、柳松菇、舞菇、巴西蘑菇、珊瑚菇等十五種菇類，其中又以香菇、杏鮑菇、金針菇、木耳、秀珍菇產值最高，以下分別介紹這五種菇之特性。 種植植物需要有種子，而要栽培菇類就得有如同種子一般的菌種，上一期提到菇類的營養構造是菌絲體，而所謂的菌種就是將菌絲體培養在適當的培養基上（圖1），一般常用的培養基為馬鈴薯葡萄糖洋菜培養基（potato dextrose agar, PDA），大部分的菇類菌絲都可以生長在PDA上，少數菇類需要特別的培養基配方。
根據《猴頭菇健腦防失智》一書，2010年有學者發現，猴頭菇可誘導單核球細胞的樹突細胞成熟，進而調節周邊免疫的耐受度，有助於平衡免疫系統。 之後又有吳迪等研究者證實，猴頭菇多醣增強免疫的功能很不錯。 除此之外，猴頭菇中的β-D-葡聚糖含量很高，根據動物實驗，具有消滅老鼠下肢根部移植的Sarcoma180(一種癌細胞)的作用，其抑制腫瘤的效果與制癌劑一樣。 菇類富含營養、低熱量，養生保健功能無庸置疑，但石信德舉出數據，「歐美每人每年吃6.5公斤的菇，我們只有3公斤多。」由於臺灣菇類產業市場多屬內銷，常有明顯淡旺季之別，屬於淺碟型市場，因此有必要開拓全球商機。
真菌可以分解人造的物質及建物，並在人類及其他動物造成疾病，真菌感染或食物腐敗引起的作物損失對人類的食物供給和區域經濟產生很大的影響，而真菌病則包括足癬等淺表層的感染，與隱球菌病等全身感染的疾病，嚴重時甚至可能致死。 有些蕈類被人作為食物，有些真菌則是食品工業的要角，可以作為麵包的膨鬆劑，或發酵製造醬油、豆腐乳與酒等食品。 1940年代起，真菌亦被用來製造抗生素，現在許多工業所需的酵素也是由真菌所合成。 有些真菌可以被當作生物農藥，用來抑制雜草、植物疾病及害蟲。 園藝式手工生產是指早年利用簡易的設施對菇類進行栽培，栽培的菇種，包含太空包類的香菇、木耳或堆肥類的洋菇、草菇等，由於栽培的過程除太空包製作或堆肥翻段會使用少量的機械外，在接種、搬運與栽培管理之過程主要皆是以人力完成，其操作模式與園藝作物管理類似。
