8月16日，九龍南綫通車，尖沙咀支綫改併入西鐵綫（合併後的九廣西鐵，現屯馬綫），東鐵綫南端終點站由尖東站再度改回紅磡站。 2007年8月15日，落馬洲支線啟用，落馬洲站連接至落馬洲管制站及深圳福田口岸。 同時支線亦設有預留位置，以便日後興建連接北環綫的古洞站。 港鐵廁所 1995年，因應有貨運列車在1988年6月於白石角附近路段出軌而進行的「白石角軌道拉直工程」完成，新軌道與吐露港公路並排，以減低行車時間及意外發生。
明日（11月19日）是世界廁所日，香港廁所協會於今日公布「2022香港最佳公廁選舉」，得獎名單包括來自食環署、大型商場及港鐵旗下的公廁。 港鐵廁所 協會亦公布了本港最急待改善的公廁名單，要求政府正視跟進。 事主家人接受傳媒訪問時表示，當日傍晚6時過後，曾多番致電港鐵求助，對方曾回覆指尋遍廁所但無發現。 惟在向港鐵求助4個多小時後，清潔工人於當晚10時許，發現事主倒臥站內一殘廁內。
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其中兩名困於第4節車廂內的少年，須經截肢，方於兩日後脫險。 在附近居住的一位洋人醫生，於駕車往協助救援時，亦連人帶車掉進天雨造成的坑洞內，幸未有受傷。 意外共造成12人死亡，是香港境內死亡人數最多的鐵路事故。 由於惡劣天氣引致鐵路多處損毀，鐵路服務最終於6月方能恢愎。 港鐵公司、中國鐵路廣州局集團、中國鐵路上海局集團聯合營運來往香港紅磡站至廣州、上海及北京的城際客運列車服務。 通常直通車會全程使用本綫的正線（羅湖-火炭-紅磡），並在整段九廣鐵路（廣深鐵路及東鐵綫）上以指定十輛韶山8型電力機車（廣鐵）或Lok 2000型電力機車（港鐵）牽引。
自兩鐵合併後，鐵路公司在設計及規劃新鐵路綫時，會於新車站內設置客用洗手間。 現時南港島綫、港島綫西延、觀塘綫延綫、沙田至 港鐵廁所 中環綫均於站內設有公共洗手間。 如乘客使用之八達通或二維碼有登記乘坐頭等的記錄，但八達通或二維碼程式所顯示的進入及離開的車站均不屬於東鐵綫的車站，亦其須支付頭等額外費則相等於東鐵綫車程的最低額八達通或二維碼車費（過海車程的頭等額外費會以金鐘站/會展站為計算基礎）。
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因超速行駛，列車收掣不及，撞上止衝擋，第一卡因撞擊斷開兩截，凌空彈起再壓斷一條電纜柱，然後翻側，斷開的後半截車卡壓著橫放了包括車頭的前半截車卡。 當時車上有兩名職員，於車頭的車長及時逃生，僅受輕傷，司機則在列車另一端，未有受傷。 肇事的車卡事後報廢，而E45組餘下完好的233號車卡則在數年後代替在何東樓車廠內撞毀屬於E58組的原272號車卡，成為今天的458號車卡，而舊有272號車卡亦報銷。 而自從屯馬綫全綫通車後，東鐵綫最繁忙路段由大圍站至九龍塘站改為沙田站至大圍站。 根據港鐵向立法會提交的2022年統計數字，2021年疫情較為緩和月份的載客率以每平方米四人站立密度計算為綫58%。 東鐵綫全綫在2022年5月全採用9卡車廂的列車後，單向每小時載客量減少近兩萬人次，較舊信號系統少約18%。
- 東鐵北行列車，因訊號問題發生故障，有事發時乘搭列車的市民指出，列車不時「行吓又停吓」（動一下又停一下），令沙田站至大埔墟站車程延長至近一小時。
- 1911年10月8日，華段鐵路建成通車，九廣鐵路英段與華段連接並直通運行，是為廣九直通車，九廣鐵路北至廣九車站，羅湖臨時車站停用並拆卸。
- 此外，民間亦有熱心人創下網上專頁「港鐵車站洗手間位置指南」，自創紀錄港鐵各站內洗手間位置，不時更新，最新版本經已在2016年10月發布，圖文並茂，文件網址：港鐵車站洗手間位置指南，專頁為 Washroom.Guide。
- 故障期間有不少乘客批評接駁巴士不足，要等近45分鐘才出現。
- 地盤工人在線上遊戲認識14歲女童，之後便連續2日與對方性交及肛交，事後被女童父親揭發。
此外，由於東鐵綫大部分路段屬於露天路段，故每逢惡劣遇上天氣如熱帶氣旋影響本港時，本綫路段容易因露天電纜損毁、山泥傾瀉、塌樹等各種原因導致不能提供完整服務。 當惡劣天氣過去時，本綫服務往往因工作人員仍在進行搶修而未能恢復正常，往往出現本綫車廂和沿綫的車站月台和大堂甚至站外逼滿乘客的現象。 而在往返市區和新界西北的交通網絡尚未發達時，部分為避開屯門公路的擠塞情況而選擇乘搭其他交通工具前往上水站經東鐵綫前往市區的天水圍及元朗居民亦曾為東鐵綫一大重要客源。 另外自近年起本綫事故頻生，加上巴士公司亦積極開辦和加密往返新界東至市區的特快巴士線，讓不少沿綫居民並開始改為乘搭巴士，東鐵綫的乘客量隨之出現輕微下跌。
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港鐵提交的文件指出，因鐵路網絡擴展，令乘客平均車程時間相應增加，故將在新鐵路所有車站設置公眾洗手間。 港鐵接受查詢時表示，由於現有設於地底的車站，加建洗手間會受到排污系統容限及設置獨立通風系統限制等，故不會在現有地底車站加建公眾洗手間。 南港島綫、港島綫西延，兩綫分期興建，所以月台都分階段起。 地鐵公司二零零六年八月，發表修訂建議方案，香港大學站喺港島綫西延啟用時，會設一層島式月台，供港島綫列車用。 直到21世紀初，先至重提舊事，但路綫經已不同，偏向山邊。 到咗設計2006年方案，地鐵公司打算遷就香港大學同半山區，將車站移到山道同薄扶林道之間，山坡底。
而網民對事件評價兩極，有人質疑行李尺寸合共175厘米，超過規定的170厘米。 亦有人質疑港鐵職員為何不事先將該行李帶離車廂，讓該兩名乘客繼續阻礙列車開出。 港鐵廁所 1982年－2022年：於1982年5月6日正式投入服務的都城嘉慕列車（通稱「電氣化火車」，未翻新列車稱「黃頭」；已翻新列車稱「烏蠅頭」），後來前九鐵於1991年增購同型號列車。
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曾於東鐵綫行走的中期翻新列車及SP1900型列車，以及現時行走的現代Rotem電動列車也設有頭等車廂。 2000年，政府發布《鐵路發展策略2000》，當中亦提出興建北環綫，但因羅湖邊境管制站出現嚴重擠塞，政府決定在興建北環綫前興建落馬洲支線以應付跨境客運量。 港鐵廁所 1994年，政府發佈《鐵路發展策略》，當中提及將興建尖沙咀支線與馬鞍山鐵路列為優先計劃，並一同定位為九廣鐵路－英段的支線。 1981年：4月24日，煙墩山隧道停用，而在同月24－25日[原創研究？ ]期間旺角車站至沙田車站的列車服務暫停；直到同月26日筆架山隧道啟用，上述暫停服務的路段恢復行駛，而煙墩山隧道後來則被改為煤氣隧道。 1976年，九廣鐵路局委聘了一間顧問公司，研究為九廣鐵路作出改良及擴展的可行性，並先行於新九龍終點站至沙田車站之間展開雙軌化工程。
八達通是香港其中一種電子收費系統，由地鐵有限公司於1997年推出，卡片的大小和信用卡相同，內置晶片，使用時把卡片放在接收器上即能完成付款過程。 使用八達通的乘搭九鐵網絡可享受優惠，車費比使用單程票便宜。 八達通未通用前，部分優惠以派發及出示轉車券給予，部分更無法做到。 2007年12月2日，九廣鐵路公司的業務正式合併至香港鐵路有限公司營運。 公司所有鐵路資產，以服務專營權方式授予港鐵公司使用；所有物業等其他業務，則出售予港鐵公司營運。
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2022年5月6日，行駛於東鐵綫逾40年的港鐵中期翻新列車正式退役，由港鐵東鐵綫現代列車全面取代。 ），但最終未有使用此名，並且於東鐵綫過海延伸後仍繼續維持原稱。 東鐵綫過海段原本可望於2021年12月底通車，但沙中綫工程因爆出偷工減料醜聞，通車日期而被延遲。
在2012年，東鐵綫每日平均乘客量為逾102.2萬人次，當中有約24萬人次往返羅湖站；另有約六萬人次往返落馬洲站，而繁忙時間平均載客率達71%。 2022年5月15日，東鐵綫正式延伸至金鐘站，成為香港第四條過海鐵路。 港鐵安排特別頭班車於凌晨約5時25分會展站開出，吸引了逾2,000名市民及鐵路迷通宵於會展站等候搶先乘搭，場面一度混亂。 而港鐵為慶祝「百年鐵路」跨越維港，亦將送出10萬張免費單程車票，市民可於同年5月31日下午2時起以智能手機登入「MTR 港鐵廁所 Mobile」應用程式領取。 而東鐵綫過海段列車的動態測試於2021年11月至2022年1月期間的通宵時段進行，工程已於2022年2月1日完工並交付車務部，以進行全面試營運，並預計於同年5月15日通車。
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港鐵亦強調，有廣播通知乘客，並已開放車站給乘客休息，並提供水和洗手間設備。 1981年夏季的某日，九廣鐵路（英段）近大埔滘站約50米處有一段路軌疑因天氣炎熱膨脹導致折曲，而一列滿載乘客由羅湖開出的列車在行駛至上述路段時停下，列車司機表示看見前方路軌有明顯的折曲，故此把列車停下，假如繼續駛過，恐怕有意外發生。 記者現場所見，兩條鐵軌在沿途一直是平行，直至一個接駁口時凸出了約12吋之多，而下面的枕木亦移入了約3吋之多。 近2小時後，鐵路局一位工程督察和十多名工人到場視察後，認為要移動另一節車軌，遷就車軌彎曲度才能行車。 經過了大約半小時後，列車才恢復通行，但已阻延了3個小時。 鐵路局發言人指，通常路軌折曲原因有多種，但這次主要是因天氣酷熱引致路軌膨脹而折曲，將來鐵路電氣化，新鋪設的路軌將能抵受高熱，相信屆時就不會有這種事情發生。
