第二階段收回用地，包括荃灣保華工業大廈、華基工業中心，於1999年7月刊憲，2000年1月起收回。 位於柴灣角海傍、屬於房委會的順基工業大廈被遷拆用作興建大欖隧道的通風樓；荔枝角公園大部份土地亦被徵用（其後已重置）；屯門新發邨的原址成為公共交通交匯處。 元朗西鐵 長者如使用單程票乘搭輕鐵，需支付特惠車費；3-11歲的合資格殘疾人士使用單程票乘搭輕鐵，可享有特惠車費；60-64歲香港居民，以及12-64歲的合資格殘疾人士如需使用單程票乘搭輕鐵，需支付成人車費。 為更便利使用輕鐵服務的乘客，港鐵提供接駁巴士服務，穿梭多個位於新界的輕鐵車站，每日接載成千上萬的乘客。
香港西九龍站及香港紅磡站屬邊境禁區車站，受《香港鐵路附例》第8A部〈過境限制區〉規管，持有效證件方可進入有關車站的收費區。 元朗西鐵 由於初期的市區車站並非位處核心地段，亦使西鐵長期仍未達到其最初營運目標，且經常要依賴巴士接駁，競爭形勢一直處於下風。 除此之外，西鐵通車初期故障頻生，九鐵公司主席田北辰曾公開承諾若西鐵故障情況再不改善，他會考慮辭職。
元朗西鐵: 元朗站
屯馬綫元朗站位於元朗新市鎮東面，是一個架空車站，車站長約420米，闊約40米，而大堂及月台均屬架空。 此外，由於上蓋預留發展作住宅項目，因此車站結構支柱較一般車站巨型，同時大堂亦設有預留出入口位置。 小白翻查九巴和港鐵官網資料，九巴發佈2022年大棠賞紅葉的特別班次時間。 元朗站響元朗市區東便，係個架空車站，長420米，闊40米。 元朗西鐵 大堂同月台都係架空，有3部升降機同12部扶手電梯，來往月台、大堂同埋出口。
2016年，早上繁忙時間往紅磡方向，在錦上路至荃灣西最繁忙的一段，以每平方米站立六人計算的可載客量52,200人，乘客量36,800人，以每平方米站立四人計算的載客率99%。 2015年，早上繁忙時間往紅磡方向，在錦上路至荃灣西最繁忙的一段，以每平方米站立六人計算的可載客量49,200人，乘客量36,400人，以每平方米站立四人計算的載客率為104%。 12歲以下小童、65歲或以上長者，以及使用載有「學生身份」、「殘疾人士身份」個人八達通卡或60歲或以上香港居民使用樂悠咭之乘客，均可享特惠車費優惠。 自2012年8月尾每星期由2,963班增加至3,151班列車行走，共增加188班列車；平日早上繁忙時間班次為3分鐘一班，而平日晚上繁忙時間班次，已由4分鐘一班加密至3.5分鐘一班。
元朗西鐵: 尖沙咀支線
該車曾短暫於馬鞍山綫服務，曾為馬鞍山綫第16列8卡車，後來調往八鄉車廠。 2020年4月4日，再有一列中國製列車（D421/D422）於本綫投入服務，使列車數目增至35列。 2020年5月2日，再有一列中國製列車（D427/D428）於本綫投入服務，使列車數目增至36列。
第一期鐵路工程，政府須收回一些土地，其中包括位於荃灣的華基工業中心，該工業中心在1981年落成，共有705個單位。 元朗西鐵 元朗西鐵 地政總署署長行使《鐵路條例》賦予之權力，在1999年7月，向華基工業中心業主和廠戶發出收回該大厦通知書。 部分業主不滿政府賠償額過低而拒絕遷出，並發起連串示威抗議行動。
元朗西鐵: 八達通
立法會保安事務委員會副主席涂謹申稱過去20多年未聽聞有如此情況，如有警員使用經改裝裝備已屬違反警隊紀律及內部指引，如果有警員使用擅自改裝的警棍敲向市民的頭部或重要部位，造成嚴重傷人甚至死亡，最嚴重的情況可被控謀殺。 此外，元朗站也有不少自助服務設施供乘客使用，包括自動櫃員機、自動售賣機等。 近G出口的付費區大堂亦設有香港郵政郵箱；而近F出口的非付費區大堂設有「會員服務站」。
董事局隨即召開緊急會議，決定外聘安永會計師事務所調查有關事件，向公眾交代；但新鐵路工程高級總監詹伯樂表示，事件中無人犯錯。 朗屏南規劃為「綜合發展區」，地盤面積約9萬方呎，可建總樓面約45萬方呎，提供4幢住宅，不多於720伙，當中425伙為實用面積538方呎以下單位。 早前收到近年最多的20份意向書，項目共接獲6份標書，最終華懋集團以13億港元投得地皮，每方呎樓面地價約2,876元。
元朗西鐵: 特別計劃
西鐵「節日通」於2004年12月20日推出，售價為港幣20元，適用於購票當天無限次乘搭西鐵、輕鐵、各新界西北的九鐵巴士、港鐵接駁巴士、K16線、以及於推廣期間內推出的其他免費接駁服務。 於2005年9月1日起改為長期推廣，並於當日起改名為西鐵「自悠通」，於各西鐵站票務處發售。 為了吸引乘客交回已使用的磁帶車票，凡交回任何已逾期的10張「自悠通」或「節日通」車票，可免費換取即日有效的「自悠通」連登車證各一張。
- 就算不用補給及吃東西，在新田購物城入面都有個單車友必到打卡點，就是一個外貌模仿《頭文字D》藤原豆腐店的地標。
- 過境客運線由羅湖經錦田直達西九龍南昌，另於錦田建一條較短的支線經元朗連接天水圍，往返屯門的乘客須轉乘輕鐵。
- 這個橋底位置沒有單車徑，行人路都非常狹窄，假期多人踩單車時，易生意外，亦會塞單車。
- 輕鐵與港鐵之轉乘必須在輕鐵或港鐵出站／閘收費器確認後30分鐘內轉車，此轉乘優惠只適用於八達通使用者及成人車費$5.1（小童及合資格學生則為$2.4）或以下的輕鐵車程。
- 列車由大棠道站駛入需經圍繞新元朗中心地盤的朗日路，並與汽車共用一段路面，繞一圈經元朗（東）巴士總站入口後，方可進入總站落客。
- 由佐敦道起（即柯士甸站至南昌站的一段）因工程對地面的影響則相對輕微，採用明挖回填的方法挖掘隧道。
元朗公園佔地7.5公頃，鄰近水邊圍輕鐵站，落車上天橋，直行就到。 園區有塊大草坪，啱曬放假約埋朋友去野餐，食下老婆餅和蛋捲等等，夠曬貼地。 九龍巴士（一九三三）有限公司，〈64K, 64S, 251A, E36P 新增巴士站〉［乘客通告］，2021年8月。 九龍巴士（一九三三）有限公司，〈54, 64K, 77K, 251B, 251M 巴士站暫時安排〉［乘客通告］，2021年1月。 1991年2月6日：晚上九時五十分左右，一輛往大埔墟方向的巴士在錦上路石湖塘準備靠站時，遭一輛試圖越線扒頭、越線行駛的私家車迎頭相撞，私家車繼而着火，兩車共10人受傷。
元朗西鐵: 香港好去處：【文化藝術一日遊享盡環球美食！五星級酒店自助午餐+特色水果市集+紅磚屋打卡位！】
到傍晚有乘客在在柯士甸往南昌站中途，聽到車外傳出巨響，並看見窗外有火花，列車服務一度嚴重受阻，工程人員約晚上9時半完成修復。 本綫因而有38列港鐵伊藤忠近畿川崎列車及17列港鐵屯馬綫中國製列車，合共55列列車。 「屯門－南昌全月通加強版」及「屯門－紅磡全月通加強版」是一種透過八達通來使用的月票，其月票記錄在八達通的內置晶片內。 紅磡至美孚︰這種列車為回廠車，星期一至六早上繁忙時間後，部份由紅磡往八鄉車廠的回廠車，會載客至美孚站才清客，大幅加密紅磡往美孚的列車班次，亦避免浪費可載客的班次。 建造西鐵期間一份2億8,700萬元的鐵路至控制中心傳送線路工程因為承建商西門子公司未能按進度進行，九鐵公司被揭發不但沒有索償，反而額外付款1億元予承建商延續工程，以期不致拖延通車。 2008年9月28日：合併收費區，美孚站與南昌站不再需要通過轉線閘機，南昌站開始跨月台轉乘至東涌綫，但與客流方向相反。
以項目總樓面約148.5萬方呎計算，每方呎樓面地價約6,275元。 西鐵綫元朗站上蓋項目佔地合共約42.1萬方呎，可以興建6幢住宅，提供不少於1,876伙，住宅樓面約136.1萬方呎，約七成單位面積不大於538方呎。 由於警方與港鐵未能完滿解決多次於元朗站發生的襲擊事件，遂讓元朗居民甚至全港市民關注，因此自2019年8月起，每個月的21日會有市民自發到車站紀念。
元朗西鐵: 新界區居民巴士路線NR971線
此外，連接美孚站及荃灣西站的葵青隧道，全長兩公里的隧道率先採用先進鑽挖技術。。 第一期屯門站至南昌站最終於2003年12月20日下午2時通車，屯門站三個出入口一早已有近300人排隊，排頭位的市民約12時到達。 首班列車下午2時05分由屯門開往南昌站，正當乘客歡天喜地慶祝一刻，列車卻突然停頓，約3分鐘後，列車再次開出。 九鐵當時解釋，由於天水圍站附近一段架空電纜，被一卷廁紙纏著，要派工程人員清理，才導致延誤。 當鐵路條例草案制定成為法例後，必要的籌劃工作需時一年完成。 收地及清拆工作涉及約400個墓穴，而伸延至屯門市中心的路線，則要清拆新發邨，當局須興建虎地邨用作安置居民。
輕鐵乘客可於元朗站、天水圍站、兆康站及屯門站轉乘屯馬綫 。 可見呢個時期政府有意準備起西部走廊鐵路，但時間上正處於香港嘅過渡期（臨近1997年主權移交），中英正處於膠著狀態，中方對機場核心工程後再大量投資建設表示憂慮，因此當時政府冇積極進行。 然而喺同一年，屯門公路發生大石磧死人嘅意外，導致屯門公路全線封閉，引致新界西北交通大癱瘓，電視台甚至派人現場報導由荃灣用超過1個鐘嘅時間入屯門嘅情況。 呢件事終於迫使政府更積極研究呢條鐵路嘅可行性，後來政府為咗加快本地客運鐵路嘅進度，將呢一段獨立出來起咗先，即西鐵第一期。
元朗西鐵: 交通意外
即使2011年2月，政府宣佈重新設計6個物業發展項目以符合新建築設計準則，但有區議會自資委託大學，為區內未來樓宇發展進行風洞測試研究，完成後發現屏風樓帶來的實質影較區議會想像中更大。 而2014年港鐵改劃的西鐵綫元朗站上蓋「縮規模」發展方案，在城規會諮詢期內共收141份意見，近乎全數反對，但城規會否決居民有關降低發展密度及改善公共環境問題的意見，多個項目已於2015年推出。 元朗西鐵 2016年1月2日，西鐵綫兩度發生事故，首度投入服務的「八卡列車」因電腦不穩定，運作不足5小時已返回車廠檢驗。
