2000年代國軍精實案政策下，2004年收併國軍基隆醫院為三軍總醫院附設基隆民眾診療服務處，一般民眾稱為「基隆三總」或「三總基隆分院」；2005年收併國軍徐州路門診中心為三軍總醫院臺北門診中心；2006年收併國軍澎湖醫院為三軍總醫院澎湖分院，一般民眾稱為「澎湖三總」。 2013年配合中華民國國防部「醫療機構整合」計畫，國軍北投醫院和國軍松山總醫院整併入三總，改為三軍總醫院北投分院和三軍總醫院松山分院。 1980年代，國防醫學院三軍總醫院尋求新院區，並選定臺北市內湖區原陸軍工兵學校校地作為新院區。 汀洲院區保留門診和急診，病房轉型為護理之家及呼吸照護病房（RCW）。 臺灣戰後時期，於1946年將「日本台灣陸軍病院南門病室」（今臺北市立聯合醫院和平院區與附近地區）改編為臺灣陸軍醫院，以吳國興上校為院長，並接管日軍北投病室。 此後醫院名稱編制更動，1950年改組為陸海空軍第一總醫院，1955年，改稱陸軍第一總醫院，1960年再改為陸軍第八〇一總醫院，1967年將北投分院獨立為八二一醫院。
- 1980年代，國防醫學院三軍總醫院尋求新院區，並選定臺北市內湖區原陸軍工兵學校校地作為新院區。
- 等級為醫學中心，院址為臺北市內湖區成功路二段325號，設有門診、急診、住院，院區內有公車站，並有免費接駁車（來往汀州院區、捷運昆陽站、捷運松山站、基隆分院）。
- 三總臨床技能訓練中心為衛生福利部核定醫學臨床技能測驗國家級考場，每年「全國醫學校院聯合臨床技能測驗」成果均優於全國平均。
- 等級為地區醫院，院址為臺灣省澎湖縣馬公市前寮里90號，設有門診、急診、住院，（特殊醫療情況經申請核可）中華民國空軍後送。
- 等級為地區醫院，精神科專科醫院，院址為臺北市北投區新民路60號精神科專科醫院，設有精神科門診、精神科急診、精神科住院、家醫科門診。
- 在既有完善基礎下成立「擬真醫學中心」，後續由國防部、軍醫局及三總逐年投資購建AR、VR、虛擬病人診療等新穎教學互動系統及情境模擬設備，加上豐富擬真教學課程以增進醫療團隊相關技能。
- (二)館內具備多樣化教材製作設備：如個人電腦、影像處理室、彩色雷射、繪圖機、攝影棚、相片輸出機、掃描機、影音光碟製作等設備，能設計製作及提供各式教學教材等；並且設置自製區，提供醫事人員使用設備製作教材與工作人員教學諮詢。
直至1968年5月，改組為「三軍總醫院」，並由小南門旁遷建至今汀洲院區（原臺北市戰前規劃的大型都會公園之八號公園），與1949年在台復校之國防醫學院形成一塊完整的教學醫院及醫學院。 三軍總醫院 logo 1983年正式成為國防醫學院之教學醫院（註：三軍總醫院在中華民國衛生福利部登記的全銜為「三軍總醫院」，並不隸屬於國防醫學院）。 除對中華民國國軍官兵及眷屬提供醫療服務和因應國防和軍事需求的醫學研究外，也以「三軍總醫院附設民眾診療服務處」名義對一般大眾提供醫療服務。 為國防醫學院之教學醫院，負有臨床醫療、教學與研究之責，醫療服務對象為軍人、健保以及一般民眾，診療科別計有內科等四十五科，為衛生署評定之醫學中心級醫院。 三軍總醫院成立於民國五十六年七月一日，在二ＯＯＯ年邁入新的里程碑，內湖國醫中心佔 地面積四十一公頃。 在不中斷醫療服務的前提下，自八月二十九日開始搬遷作業，內湖院區於十月十一日開始門診及住院，急診作業則至十一月七日開始服務，未來病床數由一千五百餘床增加至一千八百五十床，並計畫設置中醫部門，而原汀州院區將轉型為護理之家，並保留門診和急診，本院整建後不僅建築及設備全面更新，並經組識與流程再造及醫院管理全面資訊化，以提升醫療服務效率與品質。
三軍總醫院 logo: 三軍總醫院內湖院區 設施
造成此一情況原因是該院醫師分為軍職及文職，此兩種身分的缺額是固定的。 三軍總醫院 logo 但需注意的是，並非軍職醫師就一定是國防醫學院出身，部分非國防醫學院出身之軍職醫師是來自於民間召募醫學系畢業之志願役軍官，而軍階停年屆滿的軍職醫師也可能轉換為文職醫師繼續聘用。 該院院長一般而言為擁有少將軍銜之主治醫師擔任，不再具有國防醫學院副院長職銜，而是由該院執行官擔任國防醫學院副院長職銜。 本院成立於民國35年，其前身為臺灣陸軍八○一總醫院，組織由臺灣陸軍醫院、聯勤第五總醫院、陸海空軍第一總醫院、陸軍第一總醫院依序遞嬗而來。 民國56年7月改組為「三軍總醫院」，由小南門遷建於水源地營區（汀州院區），為我國之軍醫醫療展開新紀元。
2、書刊設計：醫院簡介、 醫療單位簡介設計輸出、衛教手冊、LOGO設計：三軍總醫院院徽設計、醫療單位部徽設計。 為了保障您(未曾至本院就診者)就醫權利，若預約掛號已額滿，請於看診當日該診開放掛號時間內持健保卡及身分證（幼兒請攜帶戶口名簿）至掛號櫃檯，加號方式掛號就診。 三總臨床技能訓練中心為衛生福利部核定醫學臨床技能測驗國家級考場，每年「全國醫學校院聯合臨床技能測驗」成果均優於全國平均。 2003年SARS期間，汀洲院區舊院舍（國防部軍備局、替代役中心之部份）一度做為SARS人員集中區。 1、海報設計：醫學海報設計輸出(規格A4-A0 以上)、醫療單位宣導廣告設計輸出、衛教宣導設計輸出。 (二)館內具備多樣化教材製作設備：如個人電腦、影像處理室、彩色雷射、繪圖機、攝影棚、相片輸出機、掃描機、影音光碟製作等設備，能設計製作及提供各式教學教材等；並且設置自製區，提供醫事人員使用設備製作教材與工作人員教學諮詢。
三軍總醫院 logo: 三軍總醫院內湖院區|門診時間表|三總內湖看診進度|網路掛號查詢|電話現場掛號
等級為地區醫院，院址為臺灣省澎湖縣馬公市前寮里90號，設有門診、急診、住院，（特殊醫療情況經申請核可）中華民國空軍後送。 三軍總醫院 logo 在既有完善基礎下成立「擬真醫學中心」，後續由國防部、軍醫局及三總逐年投資購建AR、VR、虛擬病人診療等新穎教學互動系統及情境模擬設備，加上豐富擬真教學課程以增進醫療團隊相關技能。 三軍總醫院 logo 2013年1月1日，配合中華民國國防部「醫療機構整合」計劃，國軍北投醫院和國軍松山總醫院整併入三總為三軍總醫院北投分院和三軍總醫院松山分院。 1946年，由「日本台灣陸軍病院南門病室」（今台北市立聯合醫院和平院區與附近地區）改編為台灣陸軍醫院以吳國興為院長，並接管日本空軍北投病室。 三軍總醫院 logo 等級為地區醫院，精神科專科醫院，院址為臺北市北投區新民路60號精神科專科醫院，設有精神科門診、精神科急診、精神科住院、家醫科門診。 三軍總醫院醫師之組成大部分來自於國防醫學院醫學系畢業生，少部分來自於其他醫學院校醫學系畢業生。
為因應醫療環境快速變遷與尋求軍醫教育整體發展，本院於民國89年遷建於內湖現址，除保留汀州院區門、急診服務外，配合國家政策陸續接收澎湖、基隆、松山、北投、臺北門診中心等五個分院，持續提供軍民最優質的醫療服務。 軍醫局局長陳建同中將(中)見證下，松山分院院長洪乙仁上校與統包工程得標廠商共同簽訂契約。 三軍總醫院今（15）日上午舉行「擬真醫學中心啟用典禮」，由國防部軍醫局局長陳建同中將擔任典禮大會主席，包含國防醫學院院長查岱龍少將、台灣擬真醫學教育學會理事長暨財團法人醫院評鑑暨醫療品質策進會執行長王拔群、台灣急重症模擬醫學會理事長楊久滕、擬真醫學先進高雄醫學大學蔡淳娟教授等人出席。 三軍總醫院 logo 原汀州院區的閒置土地，成為今日國防部軍備局、替代役中心、國立台灣大學水源校區等。 三軍總醫院 logo 本院編制上屬國防醫學院之教學醫院，負有臨床醫療、教學與研究之責，醫療服務對象為現役軍人、軍眷及一般民眾，為衛福部評定之醫學中心級教學醫院，在國家醫療上一直扮演著非常重要的角色，平時除提供民眾醫療服務及國防醫學院學生臨床教學與實習外，戰時還負有動員支援及整合管制醫療資源的任務。 等級為醫學中心，院址為臺北市內湖區成功路二段325號，設有門診、急診、住院，院區內有公車站，並有免費接駁車（來往汀州院區、捷運昆陽站、捷運松山站、基隆分院）。
三軍總醫院 logo: 基隆分院（原海軍基隆基地醫院）
(一)本院教學室設有醫藝館(多媒體中心)，專司各類醫學教材之製作業務，位於醫師大樓7樓，提供醫師及醫事人員可近性及時效性之服務。 自109年6月1日起共8科改至0900看診，實施科別：小兒外科、小兒科、耳鼻喉科、核子醫學科、婦產科、整形外科、感染科、家醫科等8科(不含健兒門診)。 院址為臺北市中正區汀州路三段40號，設有門診、急診、住院（僅有急診留觀床、呼吸病房、護理之家），接駁車來往內湖院區。 本院向來極重視醫療品質，追求卓越品質以達成本院願景－「品質的三軍總醫院」，為本院中、長程發展目標，期能藉由持續性的品質教育及分階段實施各專科品質管理，包括臨床路徑、作業流程標準化、方針管理、流程改善與管理、品質機能展開等進而步入全面品質管理，以提供質優、效率高、顧客滿意的服務。 未依規定取消掛號視為爽約，累計爽約三次，不接受網路或電話語音掛號，請現場掛號。 1968年5月，改組為「三軍總醫院」，由小南門旁遷建至今汀洲院區（原台北市戰前規劃的大型都會公園之八號公園）。
三軍總醫院松山分院航空醫學大樓新建統包工程，日前舉辦簽約儀式，在國防部軍醫局局長陳中將見證下，由三總松山分院院長洪上校與統包工程得標廠商簽訂契約，該工程(翔醫專案)預劃於109年動工，並於111年底完工。 未來將配合政府醫療政策及航空醫學任務，肩負起飛行安全醫療照護及維護地區軍民生命安全與健康重責。 三軍總醫院臨床技能訓練中心為衛福部核定醫學臨床技能測驗的國家級考場，院長王智弘為厚實臨床教學能量，多元醫學教育發展，在現有臨床技能訓練基礎上，設立「擬真醫學中心」並於今日啟用。 後續將逐年投資購建AR、VR、虛擬病人診療等系統設備，精進醫療團隊面對重大危急處置能力。 內湖總院（含汀州院區）員工約4,000多人，病床數1,900餘床，平均每日門診約6,000人次。
