1980年代，國防醫學院三軍總醫院尋求新院區，並選定臺北市內湖區原陸軍工兵學校校地作為新院區。 新建工程於1990年動工，1999年完工，並搬遷至內湖院區。 汀洲院區保留門診和急診，病房轉型為護理之家及呼吸照護病房（RCW）。 原汀州院區的閒置土地，成為臺北市替代役中心、國立臺灣大學水源校區。
- 臺灣戰後時期，於1946年將「日本台灣陸軍病院南門病室」（今臺北市立聯合醫院和平院區與附近地區）改編為臺灣陸軍醫院，以吳國興上校為院長，並接管日軍北投病室。
- 等級為地區醫院，院址為臺灣省澎湖縣馬公市前寮里90號，設有門診、急診、住院，（特殊醫療情況經申請核可）中華民國空軍後送。
- 造成此一情況原因是該院醫師分為軍職及文職，此兩種身分的缺額是固定的。
- 三軍總醫院醫師之組成大部分來自於國防醫學院醫學系畢業生，少部分來自於其他醫學院校醫學系畢業生。
- 2013年配合中華民國國防部「醫療機構整合」計劃，國軍北投醫院和國軍松山總醫院整併入三總為三軍總醫院北投分院和三軍總醫院松山分院。
- 因應武漢肺炎疫情，本院接駁車為提供就醫民眾及陪病家屬搭乘，車內屬擁擠密閉空間，請搭乘人員務必全程配戴口罩，若經醫院人員或駕駛規勸後仍不配合者，將拒絕乘載。
2013年配合中華民國國防部「醫療機構整合」計劃，國軍北投醫院和國軍松山總醫院整併入三總為三軍總醫院北投分院和三軍總醫院松山分院。 2015年1月1日基隆民眾診療服務處改為三軍總醫院基隆分院。 等級為醫學中心，院址為臺北市內湖區成功路二段325號，設有門診、急診、住院，院區內有公車站，並有免費接駁車（來往汀州院區、捷運昆陽站、捷運松山站、基隆分院）。
三軍總醫院接駁車: 三軍總醫院社區接駁車
等級為地區醫院，精神科專科醫院，院址為臺北市北投區新民路60號精神科專科醫院，設有精神科門診、精神科急診、精神科住院、家醫科門診。 2.院區周邊公車：214、256、286、630、652、679、小3、棕9南京幹線、1801國光客運基隆-國立護院(請於「國防醫學中心」下車，步行約十分鐘)。 三軍總醫院醫師之組成大部分來自於國防醫學院醫學系畢業生，少部分來自於其他醫學院校醫學系畢業生。 造成此一情況原因是該院醫師分為軍職及文職，此兩種身分的缺額是固定的。 但需注意的是，並非軍職醫師就一定是國防醫學院出身，部分非國防醫學院出身之軍職醫師是來自於民間召募醫學系畢業之志願役軍官，而軍階停年屆滿的軍職醫師也可能轉換為文職醫師繼續聘用。
- 除對中華民國國軍官兵及眷屬提供醫療服務和因應國防和軍事需求的醫學研究外，也以「三軍總醫院附設民眾診療服務處」的名義對一般大眾提供醫療服務。
- 2.院區周邊公車：214、256、286、630、652、679、小3、棕9南京幹線、1801國光客運基隆-國立護院(請於「國防醫學中心」下車，步行約十分鐘)。
- 此後醫院名稱編制更動，1950年改組為陸海空軍第一總醫院，1955年，改稱陸軍第一總醫院，1960年再改為陸軍第八〇一總醫院，1967年將北投分院獨立為八二一醫院。
- 1801基隆-石牌線(站牌位於成功路二段，步行約10分鐘，請於「國防醫學中心」上下車或『請耐心等候下班車』，接駁車未停妥前，請搭車人員勿離座，以免發生危險，敬請搭車人員配合。
- 等級為醫學中心，院址為臺北市內湖區成功路二段325號，設有門診、急診、住院，院區內有公車站，並有免費接駁車（來往汀州院區、捷運昆陽站、捷運松山站、基隆分院）。
- 等級為地區醫院，精神科專科醫院，院址為臺北市北投區新民路60號精神科專科醫院，設有精神科門診、精神科急診、精神科住院、家醫科門診。
臺灣戰後時期，於1946年將「日本台灣陸軍病院南門病室」（今臺北市立聯合醫院和平院區與附近地區）改編為臺灣陸軍醫院，以吳國興上校為院長，並接管日軍北投病室。 臺灣戰後時期多次改制，1949年改制為聯合勤務總司令部第五總醫院。 此後醫院名稱編制更動，1950年改組為陸海空軍第一總醫院，1955年，改稱陸軍第一總醫院，1960年再改為陸軍第八〇一總醫院，1967年將北投分院獨立為八二一醫院。 直至1968年5月，改組為「三軍總醫院」，並由小南門旁遷建至今汀洲院區（原臺北市戰前規劃的大型都會公園之八號公園），與1949年在台復校之國防醫學院形成一塊完整的教學醫院及醫學院。
三軍總醫院接駁車: 人員及編制
1983年正式成為國防醫學院之教學醫院（註：三軍總醫院在衛生福利部登記的全銜為三軍總醫院，並不隸屬於國防醫學院）。 除對中華民國國軍官兵及眷屬提供醫療服務和因應國防和軍事需求的醫學研究外，也以「三軍總醫院附設民眾診療服務處」的名義對一般大眾提供醫療服務。 1801基隆-石牌線(站牌位於成功路二段，步行約10分鐘，請於「國防醫學中心」上下車或『請耐心等候下班車』，接駁車未停妥前，請搭車人員勿離座，以免發生危險，敬請搭車人員配合。 等級為地區醫院，院址為臺灣省澎湖縣馬公市前寮里90號，設有門診、急診、住院，（特殊醫療情況經申請核可）中華民國空軍後送。 院址為臺北市中正區汀州路三段40號，設有門診、急診、住院（僅有急診留觀床、呼吸病房、護理之家），接駁車來往內湖院區。
捷運：捷運板南線「昆陽站」下車，可於4號出口下車搭乘本院免費接駁車。 「南港站」下車，於1號或2號出口對向公車站牌，搭乘本院免費接駁車。 內湖院區周邊公車：214、256、286、630、652、679、小3、棕9南京幹線、1801國光客運基隆-國立護院(請於「國防醫學中心」下車，步行約十分鐘)。
三軍總醫院接駁車: 三軍總醫院臺北門診中心（原國軍徐州門診中心）
該院院長一般而言為擁有少將軍銜之主治醫師擔任，不再具有國防醫學院副院長職銜，而是由該院執行官擔任國防醫學院副院長職銜。 因應武漢肺炎疫情，本院接駁車為提供就醫民眾及陪病家屬搭乘，車內屬擁擠密閉空間，請搭乘人員務必全程配戴口罩，若經醫院人員或駕駛規勸後仍不配合者，將拒絕乘載。 入內湖院區公車：聯營28、0東、278、284‧286、521、551、617、645、903、紅29、藍20、藍27、市民小巴10，繞駛時間為AM8：00-PM9：30(因本院地幅遼闊，敬請多利用直達院區之公車)。 很抱歉，您的瀏覽器不支援JavaScript功能，若網頁功能無法正常使用時，請開啟瀏覽器JavaScript狀態。
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