2021年5月22日，隨著各地醫療院所和社區篩檢站出現人潮、醫療資源與人力出現排擠效應、出現院內感染情況，逐步執行「清零計畫」、部署基層醫師至社區篩檢站、分散採檢人潮等。 同時檢驗實驗室無法處理大量檢體，未能優先採檢確診接觸者，因行政流程需「校正回歸」數據。 2021年4月20日，中華航空發生機師確診案例，員工防疫宿舍「諾富特華航桃園機場飯店」出現群聚感染，最終累計44例。 2020年12月21日，一名確診的紐西蘭籍長榮航空外籍機師感染友人，打破連續252天無「本土案例」紀錄。 2020年3月10日，在歷經先前包機風波後，第二批載有361名臺灣人的兩架包機從武漢市返回臺灣，並進行隔離檢疫。
社會工作者則為遊民等弱勢族群進行訪視關懷、提供防疫物資與衛生教育宣導，並到社區及相關社會福利機構服務。 隨著疫情趨緩，社會工作者則依規定審核補償和紓困金並撥付給民眾，並針對生活困苦的家庭提供關懷輔導服務。 而在疫情期間，隨著臺灣的「合法移工」人數下降、「非法移工」人數持續上升，許多僱用「家務移工」照顧長輩的雙薪白領家庭受到影響。 相對於醫院內部照顧員和看護不願接案，許多家屬則必須自己輪班進入醫院陪病。 不過在酒店、茶室、舞廳、三溫暖等八大行業業者數次被要求停止營業後，讓部分相關女性轉入地下工作。 以「AZ」完成「基礎劑」：「追加劑」可選擇接種「mRNA」或「蛋白質次單元」疫苗。
中華民國衛生福利部 2020年a，第106頁至第107頁；中華民國衛生福利部 2020年b，第18頁. 中華民國衛生福利部 2020年a，第98頁至第102頁；中華民國衛生福利部 2020年b，第17頁至第18頁. 中華民國衛生福利部 2020年a，第87頁；中華民國衛生福利部 2020年b，第26頁至第27頁；張耕維 2021年，第66頁. 中華民國衛生福利部 2020年a，第42頁至第44頁；中華民國衛生福利部 2020年b，第39頁至第40頁. 中華民國衛生福利部 2020年b，第33頁、第37頁；張耕維 2021年，第29頁至第30頁、第65頁至第66頁. 中華民國衛生福利部 2020年a，第9頁至第10頁、第59頁至第60頁；張耕維 2021年，第65頁至第66頁.
109年: 行政院主計總處
在疫情期間，許多在前線指揮的醫療公共衛生人員均曾經歷過嚴重急性呼吸道症候群疫情。 ，推動《傳染病防治法》修正，並配修正或新定施行細則及其他法規命令。 其中新設中央指揮體系的「國家衛生指揮中心」、及透過法制程序授權成立下屬的「中央流行疫情指揮中心」，統整資源、設備、人力來讓防疫決策一致化。 疾病管制局提高位階改制為疾病管制署，增聘專業技術人員、教育人員、醫事人員，並與部會間有密切的協作機制。 臺灣還增加傳染病防疫醫師的制度與訓練、儲備口罩與防護服等防疫物資，並積極投資新興傳染病科技的研發。 同時政府修法建立「傳染病防治醫療網」，主要由隔離醫院、應變醫院、支援合作醫院等三種醫院組成。
中華民國衛生福利部 2020年b，第127頁至第130頁、第136頁至第137頁；張耕維 2021年，第69頁. 中華民國衛生福利部 2020年a，第90頁至第91頁、第123頁至第124頁；中華民國衛生福利部 2020年b，第47頁至第48頁、第59頁至第61頁. 中華民國衛生福利部 2020年a，第74頁至第76頁、第124頁至第125頁；中華民國衛生福利部 2020年b，第53頁至第57頁、第64頁至第65頁. 中華民國衛生福利部 2020年a，第127頁；中華民國衛生福利部 2020年b，第52頁、第57頁至第59頁. 中華民國衛生福利部 2020年a，第11頁至第12頁；中華民國衛生福利部 2020年b，第47頁至第48頁、第58頁.
109年: 中國輸出入銀行 一般公告
2020年1月22日，中華民國總統蔡英文召開國家安全高層會議，要求行政院與衛生福利部有效協調各部會及各地方政府。 依據《總統副總統選舉罷免法》第20條，在中華民國自由地區繼續居住六個月以上且曾設籍十五年以上之選舉人，年滿四十歲，可以申請登記為總統、副總統候選人。 恢復中華民國國籍、因歸化取得中華民國國籍、大陸地區人民或香港、澳門居民經許可進入臺灣地區者，不得登記為總統、副總統候選人。 1997年7月香港主權交接給中華人民共和國前，部分立場反共、親中華民國的中文報章會印有公元、民國紀年（例如：《星島日報》、《東方日報》、《快報》，已停刊的《工商日報》、《華僑日報》、香港主權移交前的《明報》），以及農曆並列。
大專院校隨後延至2月25日後開學，7月的大學入學指定科目考試亦首度延期。 衛生福利部還為各級學校、幼兒園、實驗教育機構及團體、補習班、兒童課後照顧中心及托育中心提出防護建議及健康管理措施。 在救護運送部分，臺灣由各家醫療院所、消防局與民間公司的救護車負責。 而臺灣的病毒檢驗是至少要有兩位醫事檢驗師同時操作，數量多時完成一批約需4小時至5小時。
本次主要病毒株為「Omicron」亞型變異株（BA.2+BA.2.3+BA.2.3.7）。 2022年1月23日，宜蘭縣爆發「礁溪飯店群聚感染事件」，本次主要病毒株「Omicron變種」BA.1。 2022年1月3日，桃園市爆發桃園機場確診個案，並拓及多個地點，本次主要病毒株「Omicron變種」BA.1。 2021年12月29日，因「COVID-19疫苗公費預約平臺」暫緩使用，衛福部疾管署正式推出疫苗地圖「COVID-19 防治一網通」。
2020年2月3日，多國啟動武漢「撤僑」後，首架搭載247名居民的包機抵達臺灣，但這次包機也引發政治爭議。 大正（1912年7月30日—1926年12月24日）：日本大正天皇之年号、日本殖民时台湾使用的年号。 明治（1868年1月25日—1912年7月30日）：日本明治天皇之年号、日本殖民时台湾使用的年号（1895年－1912年7月30日）。 根据《中华民国国家标准法》CNS 7648《资料元及交换格式–资讯交换–日期及时间的表示法》（与ISO 8601类似），纪年可用公元，也可冠以大写“R.O.C.”字母用民国纪元。 值得一提的是，民国纪年的起始年份，与朝鲜民主主义人民共和国的主体纪年和日本大正天皇在位期间（1912年至1926年）的日本年号“大正”一致，即中华民国的“民国N年”，同时是朝鲜民主主义人民共和国“主体N年”和日本“大正N年”（至1926年大正天皇驾崩为止）。 这是因为中华民国元年、朝鲜民主主义人民共和国的创建者金日成的出生年份、以及日本大正天皇的登基年份均为公元1912年的缘故，纯属巧合，三者并无任何关系。
期間也發生正在大陸配偶家庭、及申請中華民國國籍的中國大陸戶籍人士入境問題。 2022年10月11日，開放18至49歲民眾接種莫德納-雙價次世代疫苗（原型株+Omicron BA.1變異株）。 2022年9月24日，正式開放「65歲以上」（長者）、長照機構住民、「18歲以上」（免疫不全及免疫力低下者）接種莫德納-雙價次世代疫苗（原型株+Omicron BA.1變異株）。
臺灣還曾邀請美國、日本、加拿大等14個國家舉辦視訊論壇，針對防疫進行深入交流。 2019年底至2020年初，傳出疫情之初，有人大量購買口罩希望捐給武漢，然而敵視中国大陆者否定此行為、認為口罩應留在台灣使用。 中華民國政府在2020年1月禁止口罩出口，引起網民、政治人物和演藝明星多方爭論。
在食品藥物管理署專案輔導下，廠商能在短時間內提升相關醫療物資的產線。 在疾病管制署提出高達900萬件防護服需求後，紡織業者共同組成「防護衣國家隊」，調度生產隔離服、防護服的產線，並在機能布料研究基礎開發出第一件P3等級防護服。 中央流行疫情指揮中心還和廠商協調「羥氯奎寧」使用分配權，外界則呼籲政府應籌組生產呼吸機的「呼吸器國家隊」。 另一方面，後來新北市「加利」和彰化縣「豪品」口罩工廠先後被發現混充大陸口罩。 中央流行疫情指揮中心負責重要防疫政策的制定，分別由衛生福利部部長陳時中擔任指揮官、及內政部政務次長陳宗彥擔任副指揮官，並邀請國立臺灣大學副校長張上淳擔任專家諮詢小組召集人。
中華民國衛生福利部 2020年b，第267頁至第269頁；中央通訊社 2020年，第49頁至第50頁. 中華民國衛生福利部 2020年a，第105頁至第106頁；中央通訊社 2020年，第81頁至第83頁. 中華民國衛生福利部 2020年a，第128頁至第129頁；中央通訊社 2020年，第175頁；張耕維 2021年，第91頁至第92頁. 中華民國衛生福利部 2020年b，第100頁至第101頁、第138頁至第147頁；中央通訊社 2020年，第86頁至第89頁. 中華民國衛生福利部 2020年b，第103頁、第116頁、第119頁至第120頁；中央通訊社 2020年，第132頁至第135頁.
海峽兩岸關係也影響臺灣疫苗的採購進度，其中輝瑞－BioNTech 嚴重特殊傳染性肺炎疫苗便被指遭受外力阻饒。 到了2021年，儘管七大工業國組織外長會議支持臺灣參與世界衛生大會，臺灣仍未參與獲邀參加該年度世界衛生大會。 指揮中心多次強調若散播關於防疫的不實訊息，最高可罰三年有期徒刑或併科三百萬元罰金。 台灣人權促進會表示對於防疫制度的討論屬於公共議題，應受言論自由保障，反對政府恐嚇人民。
2020年12月1日，啟動「秋冬防疫專案」，強化「邊境檢疫」、「社區防疫」及「醫療應變」措施。 邊境檢疫：所有入境及轉機旅客登機前須附3日內COVID-19核酸檢驗報告；社區防疫：出入八大類場所應佩戴口罩，經勸導不聽者依法開罰；醫療應變：加強通報採檢，訂定獎勵指標。 2020年4月18日，中華民國海軍敦睦艦隊的磐石艦軍人驗出群聚感染，最終36名病例。 2020年4月1日，指揮中心制定兩階段「社交距離注意事項」，在兼顧民眾合理權益，並顧及境內防疫安全等雙重前提下，降低社區感染風險，分階段鼓勵或強制保持社交距離。
2022年7月22日，正式開放「50歲以上」（成人）及「18歲以上」之因工作需求需出國（包括因外交、公務、洽商等工作需求需出國）民眾接種「第二次追加劑」。 2022年4月21日，指揮中心估染疫率約萬分之17，並表示若染疫率達15%至20%，就是實質「與病毒共存」，目前政策以減災為目標，重點在疫苗、藥物與輕重症分流。 2022年4月20日，「衛福部傳染病防治諮詢會預防接種組」（ACIP）將「6至11歲」（兒童）接種莫德納疫苗兩劑間隔延長至12週。
- 中華民國衛生福利部 2020年b，第100頁至第101頁、第138頁至第147頁；中央通訊社 2020年，第86頁至第89頁.
- 疾病管制署設有防疫醫師，蒐集疫情訊息並評估風險、規劃包機與郵輪專案、協助公共衛生與臨床聯繫、及參與疫情調查和防治等。
- 2022年5月27日，單日新增「確診」94,855例、單日新增「本土」94,808例，創「歷史最高」紀錄。
- 日本明治（1868年10月23日－1912年7月30日）：日本明治天皇之年號，日治臺灣（1895年起）及日治朝鮮（1910年起）與日本本土一同使用。
- 2022年7月22日，正式開放「50歲以上」（成人）及「18歲以上」之因工作需求需出國（包括因外交、公務、洽商等工作需求需出國）民眾接種「第二次追加劑」。
- 次年（1912年）元旦正式就职，通电各省，颁订国号为中华民国，并且不再使用帝制的年号，以黄帝纪元4609年11月13日（1912年1月1日）为中华民国元年元旦，并改用公历。
中央流行疫情指揮中心則增加採檢醫院擴大檢驗量能，並滾動調整責任區域以符合實際需求。 直至2020年9月，臺灣總共設有72家指定檢驗機構，每日聚合酶連鎖反應檢驗量最大達8,904件以上。 另外政府還準備社區採檢網絡，得啟動「加強社區監測方案」完善社區監測網絡及分級收治，針對高風險對象加強採檢。
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