实验结果表明，这种采用NMF算法的方法不光简单，而且无须基于知识库。 文本在人类日常接触的信息中占有很大分量，为了更快更精确地从大量的文本数据中取得所需要的信息，针对文本信息处理的研究一直没有停止过。 此外，典型的文本数据通常以矩阵的形式被计算机处理，此时的数据矩阵具有高维稀疏的特征，因此，对大规模文本信息进行处理分析的另一个障碍便是如何削减原始数据的维数。
所以VQ的基都是一张张完整正常的脸，它们都是最具代表性的脸。 空间分布的一堆数据有它们分布的某些规律，那么找一组更能直观反映这种规律的基，再把原来的数据投影到这组基上表示，这样就能便于后续的应用，比如分类等。 nmf 天然保湿因子（NMF）是低相对分子质量水溶性物质的复杂的混合物。
nmf: NMF算法简介
图像本身包含大量的数据，计算机一般将图像的信息按照矩阵的形式进行存放，针对图像的识别、分析和处理也是在矩阵的基础上进行的。 非负矩阵分解，简称NMF，是由Lee和Seung于1999年在自然杂志上提出的一种矩阵分解方法，它使分解后的所有分量均为非负值(要求纯加性的描述)，并且同时实现非线性的维数约减。 NMF已逐渐成为信号处理、生物医学工程、模式识别、计算机视觉和图像工程等研究领域中最受欢迎的多维数据处理工具之一。 单细胞研究避免不了要回答两个问题：组织中有哪些细胞类型，每个细胞类型又有哪些表达模式？
单细胞初级8讲和高级分析8讲 单细胞分析十八般武艺1：harmony 单细胞分析十八般武艺2：LIGER 单细胞分析十八般武艺3：fastMNN 单细胞分析十八… PCA大家用得比较多，就是求一组标准正交基，第一个基的方向取原数据方差最大的方向，然后第二个基在与第一个基正交的所有方向里再取方差最大的，这样在跟前面的基都正交的方向上一直取到k个基。 所以PCA的基没有直观的物理意义，而且W和H里面的元素都是可正可负的，这就意味着还原时是用W的基加加减减得到的。 当皮肤屏障受损，不能保持自稳态时，需要使用含有保湿成分的膏霜，或乳液进行护理，或进行治疗修复屏障功能。 VQ的约束是要求H的每一列只有一个元素为1，其它为0，因此相当于将m个数据归纳成了k个代表，原数据映射过去就是取k个基当中与原向量距离最小的来重新表示。
nmf: 单细胞分析十八般武艺11：xCell
NMF在挖掘用户所需数据和进行文本聚类研究中都有着成功的应用例子。 nmf 由于NMF算法在处理文本数据方面的高效性，著名的商业数据库软件Oracle在其第10版中专门利用NMF算法来进行文本特征的提取和分类。 原因在于智能文本处理的核心问题是以一种能捕获语义或相关信息的方式来表示文本，但是传统的常用分析方法仅仅是对词进行统计，而不考虑其他的信息。 而NMF不同，它往往能达到表示信息的局部之间相关关系的效果，从而获得更好的处理结果。 具体说，它日前已被应用到文本分析与聚类、数字水印、人脸检测与识别、图像检索、图像复原、语言建模、声源分类、音乐信号分析与乐器识别、盲信号分离、网络安全、基因及细胞分析等的研究中。
生物医学和化学研究中，也常常需要借助计算机来分析处理试验的数据，往往一些烦杂的数据会耗费研究人员的过多精力。 nmf NMF算法也为这些数据的处理提供了一种新的高效快速的途径。 科学家将NMF方法用于处理核医学中的电子发射过程的动态连续图像，有效地从这些动态图像中提取所需要的特征。 因为NMF的分解不出现负值，因此采用NMF分析基因DNA的分子序列可使分析结果更加可靠。 同样，用NMF来选择药物成分还可以获得最有效的且负作用最小的新药物。
nmf: 单细胞分析十八般武艺2：LIGER
空间转录组学 技术正迅速成为单细胞 RNA 测序 的延伸，具有以接近单细胞分辨率分析基因表达的潜力，同时保持组织内的… nmf 单细胞专题 | 1.单细胞测序（10×genomics技术）的原理 单细胞专题 | 2.如何开始单细胞RNASeq数据分析 单细胞专题 | 3.单细胞转录组的上… 然而，目前空间转录组分析技术（Spatial Transcriptomics，ST）尚未达到单细胞分辨率，往往需要… Giotto|| 空间表达数据分析工具箱 Seurat 新版教程：分析空间转录组数据(上) Seurat 新版教程：分析空间转录组数据(下) scanpy教程：… 对比PCA分析的结果，NMF虽然毫不逊色，但是它的运行时间更长，我们为什么要用NMF呢？ 一个很重要的原因是NMF的因子可解释性更强，每个因子贡献度最大的基因基本代表了某种或某个状态细胞的表达模式，相比差异分析得到marker基因更有代表性。
- Github上有很多基于NMF和其变种算法的单细胞分析工具，我比较喜欢的有单细胞整合分析工具liger和空间转录组去卷积工具SPOTlight。
- 空间分布的一堆数据有它们分布的某些规律，那么找一组更能直观反映这种规律的基，再把原来的数据投影到这组基上表示，这样就能便于后续的应用，比如分类等。
- NMF的重要性在于构成它的化学组分，特别是吡咯烷酮羧酸（PCA）和乳酸盐具有强烈的吸湿性。
- 然而，目前空间转录组分析技术（Spatial Transcriptomics，ST）尚未达到单细胞分辨率，往往需要…
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林智仁这篇文章C Lin是后期出来的，review了之前几种主流的方法，再提出自己的新方法，所以这篇的内容比较全（懒人只看这一篇就够了）。 NMF的重要性在于构成它的化学组分，特别是吡咯烷酮羧酸（PCA）和乳酸盐具有强烈的吸湿性。 这些盐类吸收大气中的水分和溶解于它们水合作用的水中，因而对皮肤起到保湿剂的作用。
这些混合物是来自角化细胞向上移动，通过堆积层和被酶破坏称为角蛋白和聚角蛋白微丝之间的链接的产物。 可以看到，在CD4和CD8的T细胞的各自矩阵内部降维聚类分群，这6个细分亚群都并不是泾渭分明的界限。 听完分享才知道，原来作者这个时候的细分亚群其实并不关心它们内… 单细胞测序期望每个barcode标签下只有一个真实的细胞，但是实际数据中会有两个或多个细胞共用一个barcode的情况，业内称之为doublets或multip… NMF分解之后，每个因子保留的都是局部特征，它们的权重是基本平等的。 通过这张图可以看出，很多因子能与面部特征一一对应起来，例如鼻子、眼睛、嘴巴都能找到相应的因子。
- 此外，这种非负性的限制导致了相应描述在一定程度上的稀疏性，稀疏性的表述已被证明是介于完全分布式的描述和单一活跃分量的描述之间的一种有效数据描述形式。
- 此外，典型的文本数据通常以矩阵的形式被计算机处理，此时的数据矩阵具有高维稀疏的特征，因此，对大规模文本信息进行处理分析的另一个障碍便是如何削减原始数据的维数。
- NMF分解之后，每个因子保留的都是局部特征，它们的权重是基本平等的。
- 当皮肤屏障受损，不能保持自稳态时，需要使用含有保湿成分的膏霜，或乳液进行护理，或进行治疗修复屏障功能。
- 如果皮肤角质层水分含量不足，聚角蛋白微丝降解成单个氨基酸。
- 近年来采用NMF思想的应用才刚展开，相信以后会有更多的成功应用。
- 单细胞测序期望每个barcode标签下只有一个真实的细胞，但是实际数据中会有两个或多个细胞共用一个barcode的情况，业内称之为doublets或multip…
NMF的心理学和生理学构造依据是对整体的感知由对组成整体的部分的感知构成的(纯加性的)，这也符合直观的理解：整体是由部分组成的，因此它在某种意义上抓住了智能数据描述的本质． 此外，这种非负性的限制导致了相应描述在一定程度上的稀疏性，稀疏性的表述已被证明是介于完全分布式的描述和单一活跃分量的描述之间的一种有效数据描述形式。 LIGER能够跨个体、物种和方法(基因表达、表观遗传或空间数据)识别共有的细胞类型，以及数据集特有的特征，提供对不同单细胞数据集的统一分析。 如何快速准确地让机器人识别周围的物体对于机器人研究具有重要的意义，因为这是机器人能迅速作出相应反应和动作的基础。
nmf: 提取celltype的signatures
机器人通过传感器获得周围环境的图像信息，这些图像信息也是以矩阵的形式存储的。 已经有研究人员采用NMF算法实现了机器人对周围对象的快速识别，根据现有的研究资料显示，识别的准确率达到了80%以上。 此外，NMF算法在环境数据处理、信号分析与复杂对象的识别方面都有着很好的应用。 近年来采用NMF思想的应用才刚展开，相信以后会有更多的成功应用。
语音的自动识别一直是计算机科学家努力的方向，也是未来智能应用实现的基础技术。 语音同样包含大量的数据信息，识别语音的过程也是对这些信息处理的过程。 NMF算法在这方面也为我们提供了一种新方法，在已有的应用中，NMF算法成功实现了有效的语音特征提取，并且由于NMF算法的快速性，对实现机器的实时语音识别有着促进意义。 复调音乐的识别是个很困难的问题，三菱研究所和MIT(麻省理工学院)的科学家合作，利用NMF从演奏中的复调音乐中识别出各个调子，并将它们分别记录下来。
nmf: 单细胞分析环境搭建
NMF解决这类问题具有天然的优势，因为它分解的因子很容易与细胞类型或表达模式对应起来。 Github上有很多基于NMF和其变种算法的单细胞分析工具，我比较喜欢的有单细胞整合分析工具liger和空间转录组去卷积工具SPOTlight。 应用NMF分析方法发表的高分文章也有很多，我给大家介绍一篇，更多的文章请自己搜索。 在众多应用中，NMF能被用于发现数据库中的图像特征，便于快速自动识别应用；能够发现文档的语义相关度，用于信息自动索引和提取；能够在DNA阵列分析中识别基因等等。 非负矩阵分解由Lee和Seung于1999年在自然杂志上提出，它使分解后的所有分量均为非负值(要求纯加性的描述)，并且同时实现非线性的维数约减。
如果皮肤角质层水分含量不足，聚角蛋白微丝降解成单个氨基酸。 这些游离的氨基酸与其他有生理作用的化合物，如乳酸、尿素和盐类等，被称为天然保湿因子。 有意思的是收到了不少批评意见，说咱们中国大陆也有很多优秀的高校单位，也做了很多生物信息学方面的知识整理工作，我就呵呵了。 NMF的原数据首先就是只分布在非负子空间里面的，然后它的基则在这个非负子空间靠近边缘的区域，像一组长短不一、间隔不一的伞骨。
nmf: 单细胞分析十八般武艺8：Garnett
