5月，清華重归教育部管轄；6月，清華大學董事會解散，清華基金改由中華教育文教基金會保管。 1930年5月，中原大戰爆發，北平落入閻錫山之手，校內親閻錫山勢力醞釀“倒羅運動”，再加上羅家倫長期與學校師生意見不合，5月20日請辭離去。 後閻錫山指派與其同為山西人的清華校友喬萬選為清華校長，但是遭到清華師生以反對军阀力量把持校政為由，拒絕喬萬選。 6月25日，喬萬選企圖以武力接收清华，遭學生阻擋，並簽下「永不任清華校長」承諾書。 清華校務暫由校務會議維持，清華進入長達十至十一月的無校長時期。
1990年12月，時任教育部長毛高文前往臺灣省立新竹師範學院視察，認為學校校區狹小而不利長遠發展，因此當場指示中華民國教育部協助臺灣省立新竹師範學院擴大校區或遷移學校。 南大校區 1991年2月，顏秉璵依照教育部命令，轉而擔任國立暨南國際大學籌備處主任，並由臺北市政府教育局局長陳漢強接任國立新竹師範學院校長。 在其任內，國立新竹師範學院積極籌劃學校遷移和擴張學校的計畫，除了預備移往新竹市香山區，且初步提出新竹大學及下轄5個學院的架構。 國立清華大學與國立新竹教育大學2016年底合校，但仍分兩個校區上課。 清大今在校本部舉行竹師教育學院大樓的動土典禮，教育學院2千多名師生可望在2年半後由南大校區遷入校本部上課。 校長賀陳弘說，校本部的藝術大樓也將在近期內動工，待藝術學院師生遷到校本部後，2023年即可依原訂的合校計畫全部實現。
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早期先后有范源濂（美国驻华公使反对）、赵国材（代理）、张煜全、罗忠诒（学生拒绝）、严鹤龄（代理）、金邦正、曹云祥（代理）被任命校长。 1924年5月，曹云祥成为正式校长，在任6年中，清华学术得到空前发展，1925年春成立国学研究院，聘请梁启超、王国维、陈寅恪、赵元任等导师。 从派遣留学逐步转为培养本国人才，在1925年5月成立大學部，始创四年制學士教育，開始招收大學一年級生，稱為新制生，而留美預備部學生為舊制生，之後清華學校由留美預備部、大學部、國學研究院三個部分組成，並逐步向綜合性大學過渡。 至1926年，大學部共成立17個學系，包含中國文學系、西洋文學系、歷史學系、經濟學系、教育心理學系、物理學系、工程學系、體育學系、音樂系等，已經形成大學的初步基礎。 1987年7月，臺灣省立新竹師範學校依照臺灣省政府的命令，正式改制而升格成為學院等級，且命名為「臺灣省立新竹師範學院」，簡稱「竹師」或「新竹師院」，由顏秉璵教授擔任第一任校長。
1926年11月25日，校評議會議決：「通過校徽之格式：圓形、斜十字」，1928年改制大學後，曾调整校徽字样与图示。 1934年6月1日《清華週刊》（第13-14期）嚮導專號刊登了清華大學校徽圖案，其基本形制沿用至今，最中心為五角星，內圈為校訓「自強不息，厚德載物」，外層則為校名中英文字樣。 南大校區 與北京清華不同，保留了清華學校時期，校徽最外層的光芒狀圖案等細節。 1946年9月，原先的臺灣省立臺中師範學校第二部依照命令，正式改制成為「臺灣省立新竹師範學校」，初辦6班簡易師範課程。
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1984年8月，黃光雄辭去臺灣省立新竹師範專科學校校長職務，轉而擔任國立臺灣師範大學教育研究所教授兼進修部主任，而原本職務則由臺灣省立臺南師範專科學校校長耿相曾接任。 耿相曾在1986年7月退休後，則由國立臺灣師範大學教授兼視聽教育館館長顏秉璵教授接任校長。 1952年12月，張雲縉辭去校長職務，臺灣省政府教育廳先是派遣督學王宏志代理校長職務，並在隔年3月正式接任。
南大校區圖書館成立於1946年9月，隨著學校的改制而有數度的調整，由省立新竹師範學校之草創，直至2005年8月學校改制成為國立新竹教育大學，本館也調整為國立新竹教育大學圖書館，民2016年11月1日與清華大學合校，改為清華大學圖書館南大分館。 实际上，清华大学的前身“清华学堂”正是由美国所退的部分庚子赔款的款项所设立。 庚子赔款条约废止以后，清华的经费才开始由国民政府教育部下拨。 这笔款项就形成了清华基金，并由美国华美基金会管理，当时的本金大约有300万美元。 由于教工薪金不高，无人愿意来任教，于是梅贻琦便拿基金利息作为津贴补助教授。
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將星生進入清大後，大一不分系，大二再依其興趣分流到電機、資工、材料、經濟、人社、教育等系。 求學4年期間學雜費全免，可領每月1萬2千元生活費及每學期5千元的書籍費，畢業後以少尉任官，起薪近5萬元。 且所有將星生不論軍種，未來只要通過體檢，都可接受飛行官訓練。
主要是為增進全校學生、教職員工的心理健康而設立。 諮商中心有諮商輔導、資源教室執行專責事項，並且協同校方支援性別平等委員會。 工本費：（有特別加註者之工本費依說明收取）。 以郵政匯票付款者，抬頭請寫『國立清華大學』。 永達技術學院已於2014年停辦，目前正由公益董事進行解散清算校產的程序。 由於該校仁武校區是承租台糖土地，教育部今天證實，…
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並於同年12月，由行政院組設「國立清華大學研究院籌備委員會」，以教育部長張其昀，清華大學校長梅貽琦，國防、外交、財政、經濟四部代表，暨蔣夢麟、浦薛鳳、錢昌祚，陳雪屏、錢思亮、金開英、洪紳諸先生為委員。 2008年2月，正式成立「清華學院」；獲教育部補助「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」後三年（2008年至2010年）每年新臺幣12億元；成立產業研發碩士半導體元件及製程專班。 8月，成立微機電系統工程研究所碩、博士班、臺灣文學研究所碩士班，人文社會學士學位學程，生命科學院調整為生命科學系、分子與細胞生物研究所碩、博士班、分子醫學研究所碩、博士班、生物資訊與結構生物研究所碩、博士班、生物科技研究所碩、博士班。 2006年10月18日，國立清華大學校長陳文村在新竹市政府專題演說中，宣布清大和竹教大合併案送交教育部。 2009年5月期間，竹教大和清大分別召開1場公聽會，會議宣布將在同年10月交由各校校務會議討論，並決定是否合併。 不過在同年11月4日，清大評估合併案無法在校務會議中通過，因而決議暫緩執行，等待之後重新啟動合併討論。
相當程度的取法英國劍橋大學與牛津大學，美國哈佛大學與耶魯大學等名校住宿學院（Residential College）的作法，提供學生一般大學稀有的學習經驗。 其中，老師不是主角，只是潛能的激發者與引導者。 學校致力於結合校內、外與校友資源，提供學生有效的學習環境，讓學生在其中找到自己的目標。 中華民國政府於第二次國共內戰失利而撤退至臺灣後，接收日本海軍第六燃料廠廠本部300公頃土地。
1948年，清华大学扩充农学、气象学、法学、航空工程等院系。 同年11月24日，在中国人民解放军进攻下，国民政府教育部督学前来谈迁校事宜，并接走清华5位教师。 12月13日，解放军进军至西郊，绕开圆明园和清华、燕大，占领丰台。
你若會唱園內之“明日”，你當想起我們紫白的校旗，你便唱出風旗飄舞的節奏，飄啊！ 你在百尺高樓上飄搖著，近矚京師，遠望長城，你照臨著舊中華的脊骸，你照臨著新中華的心臟。 展開那四千年文化的歷史，警醒萬人，啟示萬人，賜給他們靈感，賜給他們精神！ 萬人肉袒負荊的時間過了，萬人臥薪嚐膽的時間過了，萬人四千年的文化！
清華大學有多條路線供師生搭乘，以利往返各校舍、校區、聯盟學校，或其他機構。 如校園巴士 (校本部內行駛)、校區區間車 (校本部和南大校區間運輸)、台聯大系統專車 (前往交大、中央、陽明)、中研院區間車 (前往中央研究院)、同步－國衛院區間車 南大校區 (前往同步輻射中心、科技生活館)。 2019年11月1日起，新竹市公車83路開通，可前往新竹轉運站、南大校區。 2019年人文社會學院國際生學士學位學程改名清華學院國際學士班。
2010年1月31日，曾憲政的校長任期屆滿，由副校長林田壽擔任代理校長。 1991年7月，為了配合師範教育的整體發展，中華民國政府決定將所有師範學院隸屬臺灣省政府，而升格進入中華民國教育部管理的國立大專院校體系，臺灣省立新竹師範學院也因而改名為「國立新竹師範學院」。 1992年，臺灣省政府同意撥用臺灣省畜產試驗所新竹分所的64公頃土地。 而在同年12月，行政院在其台81教42065號函中，核定國立新竹師範學院遷建香山區的計劃。 1996年2月，陳漢強從教授退休後，轉而擔任立法院立法委員，並由國立新竹師範學院副校長黃讚坤教授代理校長。 1980年8月，雄光義調往擔任臺灣省立臺北師範專科學校校長，臺灣省政府派遣國立臺灣師範大學教授黃光雄繼任校長。
清華的校旗，用了傳統的紫白二色，紫色為底，中間為英文校名縮寫「TH」所組成的圖案，中間有一“清”字，上有「國立清華大學」字樣。 ，后引申出“水木清华”一词，并赋予“池水清澈，树木华美”之意，今日工字厅后匾额即为“水木清华”四字。 明万历年间建皇家园林清华园（今畅春园），后废。
之後陸續成立電腦與通訊科技研發中心（1994年）、積體電路設計技術研發中心（2000年）、奈米與微系統科技中心（2001年）、腦科學研究中心（2002年）、當代中國研究中心（2003年）、能源與環境研究中心（2004年）等校級研究中心。 1956年清大在臺復校後首次招生，因校舍還未完工，以國立臺灣大學為上課地點，至此清大校務在臺正式運行。 1957年，清大在新竹的教學大樓、辦公大樓、教職員工宿舍、學生宿舍等相繼完工，學生於是返回新竹上課。 1961年原子爐興建工程完工，此原子爐土木工程部分由校友華泰建築師張昌華負責設計，機械裝置則由中油、臺電、臺灣鋁業公司分別派員操作，並得到經濟部聯合工業研究所的協助，是臺灣第一次由產官學界共同完成的成果。 2006年清華首度實施此計畫的結果，於2007年3月放榜，來自全臺150所高中的學生共150名獲得錄取。 其中的32所高中，分別屬於16個縣市，這些學校在過去四年來不曾有畢業生進入清華就讀；有10個縣市內的平均家庭收入，遠低於臺灣的平均家庭收入。
- 清康熙年间建熙春园，后分为近春园、熙春园两部，咸丰帝为熙春园亲书匾额改为“清华园”。
- 清華自2015年首辦特殊選才「拾穗計畫」，為了符合這些特殊入學之學生的需求，在2018年擬定「學士班實驗教育方案」，讓學生能提出自己獨特的大學規畫。
- 1946年9月，原先的臺灣省立臺中師範學校第二部依照命令，正式改制成為「臺灣省立新竹師範學校」，初辦6班簡易師範課程。
- 8月，原子科學系更名為生醫工程與環境科學系，成立臺灣研究教師在職進修碩士學位班、理學院學士班、科技管理學院學士班；修正組織規程，秘書室調整為秘書處，下設綜合業務組、議事及法規組、公共事務組、國際事務中心與校友服務中心。
- 8月，宜蘭園區籌備處成立；增設資訊系統與應用研究所博士班、科技管理研究所博士班、工學院產業研發碩士光電科技專班；經濟學系由人文社會學院改屬科技管理學院。
清華現有超過100個學生社團，社團的類別包括服務性、音樂性、學藝性、體育性、自治性及綜合性。 南大校區 另經常舉辦的活動，包括社區服務、電影欣賞、專題演講及座談、團康聯誼、藝術演出、競賽活動等，寒暑期並舉辦各類型營隊。 同時，為培養具有國際觀、奉獻與服務精神的清華人，2007年開辦暑期國際志工。 南大校區 其中大學部一、二年級有新生保障優先住宿權，三年級以上則視空床數進行抽籤。
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